厳しい身分制度の時代に不幸な家庭環境に生まれた主人公チャングム（長今）が、シリーズ前半は宮廷料理人として、後半は女医として活躍し、「大長今（偉大なるチャングム）」の称号をもらうまでの波乱の半生を娯楽性豊かに描いた作品。チャングムは歴史書に登場するがその実像は謎に包まれている。

成宗13年（1482年）。朝鮮王朝第9代の王、成宗（ソンジョン）は品行の悪さを理由に元妃ユンを毒殺。現場に立ち会った武官の一人ソ・チョンスは王命に従っただけとはいえ、罪の意識に苛まれる。酔っ払い、山中で誤まって崖を転落したチョンスは洞くつで目を覚ます。傍らには老師が居り、チョンスの運命に関わる3人の女性の存在を告げる。3人の女性は「女今・順・好」と表わされた。チョンスは一人目の女性が元妃ユンであることに思い当たる。
14年後、成宗（ソンジョン）を父に、元妃ユンを母に持つ燕山君（ヨンサングン）が即位して2年。いまだに老師の言葉が忘れられないチョンスは、自らの運命から逃れようと官職を辞す。
宮中の台所、水剌間（スラッカン）。最高尚宮（チェゴサングン）の姪で女官のチェ・ソングムの挙動を不審に思った女官パク・ミョンイは、そのことを気味尚宮（キミサングン）に報告。しかしその夜、ミョンイは門番と通じ女官の誓いを破ったとして捕らえられ、山中で毒を飲まされる。歴代、最高尚宮（チェゴサングン）をつとめるチェ一族はその地位を守るべく権力闘争に加担、標的とした人物の食事に体調を悪化させるものを混ぜており、ミョンイが目撃したのはまさにその現場だったのだ。
ミョンイの友人で女官のハン・ペギョンはことの一端を知り、ミョンイが飲まされる毒にこっそり解毒剤を混ぜる。翌朝、川縁に倒れているミョンイをチョンスが発見。
こうしてチョンスは自分の運命を左右する第2の女性と出会ってしまったのだった。

8年後、燕山君10年（1504年）。夫婦となったチョンスとミョンイは白丁（ペクチョン）の身分を称し、一人娘チャングムと3人でひっそり暮らしていた。チャングムは活発で向学心も強く、身分不相応な振る舞いを母ミョンイは心配するが父チョンスは可愛くて仕方ない。
一方、燕山君（ヨンサングン）の暴君ぶりは激しさを増していった。生母ユン氏毒殺に関わった人物を探し出すべく、全土に当時の武官の似顔絵が張り出されることに。ある日、村の市に出かけたチョンスはチャングムにせがまれ、相撲に挑む。しかし騒ぎが起こり、チョンスは手配中の武官であることがばれ捕まってしまう。その家族まで処罰の対象であることからミョンイはチャングムを連れ逃亡。追っ手から逃れつつ、連行されたチョンスの後を追い漢陽（ハニャン）へ向かう。
なんとか漢陽（ハニャン）についたミョンイはチョンスに会いたい一心で、意を決し、かつての友人ハン・ペギョンに手紙を書く。いまや水剌間（スラッカン）で尚宮（サングン）となっているハンは手紙を読み、宮中を抜け出しミョンイとの再会を喜ぶ。しかしハン尚宮の挙動を不審に思ったチェ・ソングムが後をつけ、ミョンイの生存を知る。同じく尚宮（サングン）となっているチェは一族の保身のため、再びミョンイの命を狙ってくる。

両親を失ったチャングムはトック夫婦のもとに身を寄せる。2年が経ち、チャングムはトックに代わり一人で酒の配達が出来るようになっていた。
その頃、燕山君（ヨンサングン）の暴政に堪えかねた臣下たちは、密かにクーデターを計画していた。首謀者パク・ウォンジョンらは燕山君（ヨンサングン）の異母弟である晋城大君（チンソンデグン）の擁立を計画、晋城大君（チンソンデグン）への連絡にチャングムが利用される。酒を届けに晋城大君（チンソンデグン）の前に通されたチャングムは、その場にいた皇太后殿の尚宮（サングン）に女官になりたいと直訴する。
クーデターは成功し、1506年、晋城大君（チンソンデグン）は即位し中宗（チュンジョン）となった。チャングムはその働きが認められ、宮中に上がることに。これから半月の訓練を経たのち、女官見習になれるのだ。希望に胸膨らむチャングムだったが、仲間たちからは身分の違いを理由に仲間はずれにされてしまう。

真夜中、王宮の退膳間（テソンカン）に忍び込み、王の夜食を台無しにしてしまったチャングムとヨンセン。訓育尚宮（フニュックサングン）に引き渡すまでの間、退膳間（テソンカン）の蔵に閉じ込められることに。翌日、事の次第を知った訓育尚宮（フニュックサングン）はヨンセンの分までチャングムに罰を与え、チャングムに訓練場の外の掃除を言い付ける。ヨンセンの助けもあり、チャングムは訓練場から漏れ聞こえる講義の声を頼りに懸命に学ぶ。
半月がたち、女官見習としての配属が決まる試験を明日に控え、試験を受けさせてもらえるようチャングムは訓育尚宮（フニュックサングン）に懇願。訓育尚宮（フニュックサングン）はチャングムに水桶を持たせ、明日まで水をこぼさず持っていたら試験を受けさせると約束。チャングムはヨンノの妨害にもめげず、持ち堪える。
晴れて試験に合格したチャングムはハン尚宮のもとに配属される。ハン尚宮はチャングムに水を持ってくるよう言い付ける。何度もやり直しを命じるハン尚宮の真意がわからず、戸惑うチャングム。
仲間からのチャングムへのいじめは相変わらず続いており、先輩格のチョバンは水剌間（スラッカン）の洗い物すべてをチャングム一人に言い付ける。チャングムはこのところの黄砂で井戸の水が濁っていることに気付く。

女官見習たちの定期競技。クミョンの提案で急きょ課題が「松の実刺し」に変更になる。結果、2番の成績をとったチャングムはしかし、クミョンに松の実刺しを教わっていたことが皆にばれて裏切り者扱いされてしまう。
パク・ミョンイの娘の消息が気になるチェ尚宮（サングン）は、何かと情報通のカン・ドック夫妻に探りを入れる。チャングムのことを聞かれ、機転を利かせるトックの妻。
夜、水剌間（スラッカン）の女官を対象に抜き打ちの持ち物検査が行なわれる。その夜はオ内人が恋仲のカン衛兵との逢瀬を約束した夜だった。一方、水剌間（スラッカン）のチェ最高尚宮（チェゴサングン）は、男性禁制の宮中に密かに医者を呼び寄せていた。宮中の診察を受けるとその結果はみなが知るところとなり、体調不良の程度によっては辞職を迫られるため、秘密裏に診察をうけようと企んでいたのだ。診察の最中、抜き打ち検査の報告に女官長が最高尚宮（チェゴサングン）の部屋を訪れる。
そして新しい最高尚宮（チェゴサングン）のもと、月日は流れ、チャングムは18歳になっていた。

18歳になってもチャングムは相変わらずの好奇心と行動力とで、さまざまなことに挑戦してはチェ尚宮（サングン）にしかられる毎日を過ごしていた。
その頃、姫が食事を摂らなくなり、水剌間（スラッカン）が姫の食事も担当することになる。クミョンはチャングムの研究をヒントに、姫の食事を作り問題を解決する。
中宗の誕生祝に明より錦鶏が贈られ、調理するまでの間、その管理をクミョンが任される。しかし飼育場の鍵がはずれ、錦鶏が逃亡。誰にも言えないクミョンは意を決し、伯父パンスルを頼ることに。錦鶏がいなくなったことに気付いていたチャングムはクミョンに手助けを申し出、夜中、一緒に宮中を抜け出す。
チャングムは万一に備え、トックにも錦鶏探しを依頼。翌日、中国からの交易船が入ることを知ったチャングムは港に行き、トックの手引きで申の刻（午後4時ごろ）錦鶏が入手できることに。クミョンと合流する約束の時間は酉の刻（午後6時ごろ）。一方その頃、水剌間（スラッカン）ではチャングム、クミョンと錦鶏の不在にチェ尚宮（サングン）、ハン尚宮（サングン）が気付いていた。

宮中を抜け出した罪で捕らえられたチャングム。しかしチョン最高尚宮（チェゴサングン）とハン尚宮（サングン）の必死の取り計らいで、宮中追放処分は免れ、配置換えとなる。
チャングムの新しい配属先は菜園。菜園とは王宮の隅にある薬草畑で、異国の香辛料や薬草の栽培を試みるところ。しかし今まで栽培が成功したことはなく、事実上、宮中で見捨てられた人が配属される部署だった。
菜園近くには護衛部隊の練兵場があり、菜園に向かうチャングムは過日傷の手当てをしたミン・ジョンホとすれ違う。傷から回復し職場に復帰したチョンホは、手当てをしてくれた命の恩人である女性の落し物、ノリゲを大切に持っていた。
菜園では誰一人働いておらず、チャングムは責任者チョン・ウンベクから「何もしないことが仕事だ」と言い渡される。

貴重な薬草キバナオウギの栽培に成功したチャングムはその功績が認められ、菜園から水剌間（スラッカン）に戻れることに。チョン・ウンベクの使いで書庫へ立ち寄ったチャングムは、ミン・ジョンホと初めて言葉を交わす。
女官正式採用を決める試験を7日後に控え、懸命に遅れを取り戻そうと勉強するチャングム。試験は2段階に分かれていた。まず、料理名を当てる筆記試験があり、その後実技としてその料理を作る。筆記試験に正解した早い順に、その食材を選ぶことができることになっていた。チャングムが心配なトックは、何とか力になりたいと、古くから女官に伝わる「試験問題を事前に知る儀式」をチャングムに教える。
試験当日。筆記試験を一番で正解したクミョンは最善の食材を獲得。下ごしらえを済ませ、課題の料理は翌日作ることになった。夜中、ヨンセンと一緒に復習を兼ねて料理場を訪れたチャングムは、自分の食材の一部がなくなっていることに気付く。

女官正式採用をかけた料理試験の結果、首席はクミョン、支給されたもの以外の食材を使ったチャングムは落第を言い渡された。そこへ試験の見学に皇太后が現われる。チャングムの料理を味見した皇太后は、その味だけでなく、代用の材料を選び出した機転と知識に感心し、チャングムの落第を取り消させる。晴れて女官となるチャングムに、ハン尚宮（サングン）はお祝いとしてあるものをプレゼント。トックの妻は里帰りしたチャングムに「母代わり」として訓示。チャングムは母の墓参りを済ませ、宮廷に戻り女官としての生活を始める。
その頃、追っていた女密偵が捕らえられチョンホが聴取。女密偵から、自分の怪我の手当てをした女性が錦鶏を持っていたことを聞き出したチョンホは、錦鶏を手がかりに、自分の命の恩人を見つけようとする。
王の狩りに同行し、野営の水剌間（スラッカン）で食事を作ることになったチャングムたち。しかし味見をしたハン尚宮（サングン）らが倒れてしまう。

王はクミョンとチャングムの作った冷麺に満足し、王の護衛部隊として同行していたチョンホも二人の活躍を知る。チョンホはチャングムに声を掛け、クミョンは自分の憧れの人チョンホとチャングムが旧知であることを知る。
食材の管理を怠った罰として退膳間（テソンカン）への出入りを禁じられたミン尚宮（サングン）らに代わり、チャングムが退膳間（テソンカン）の手伝いをすることに。退膳間（テソンカン）のどこかに母の料理日誌が隠されているとあって、チャングムは浮き足立つ。何かと口実を作っては退膳間（テソンカン）に出入りするチャングムの様子を怪しむヨンセン。
一方その頃、チェ一族はある陰謀に加担していた。チェ尚宮（サングン）はクミョンにその実行を命じる。懐妊している妃のお腹の子供を女の子に変える呪いの札を退膳間（テソンカン）に隠すのがその役目だった。
ところがクミョンが隠したはずの呪いの札が明るみに出、チョン最高尚宮（チェゴサングン）が調査を開始、夜中に退膳間に出入りしていたチャングムに、その容疑がかかる。

「呪いの札」陰謀の主謀者を察したチョン最高尚宮（チェゴサングン）。全貌を明らかにしようと、チャングムとクミョンの取調べを官憲に委ねることに。そこへ女官長が現われ、不問に付すように命じる。反発するチョン最高尚宮（チェゴサングン）だが、女官長に詰め寄られ引渡しを1日引き延ばすことに。その間に、チャングムに罪を被せるべく、女官長とチェ尚宮（サングン）はあらゆる手を打つ。
チョン最高尚宮（チェゴサングン）と同じく事の真相を察するハン尚宮（サングン）は、チャングムの無罪を明かそうと、ヨンセンの発言を頼りに「チャングムが探していたもの」を見つけ出そうとする。しかしチャングムは今こそ亡き父母の遺言を守ると言い、真実を口にしない。
このところ容体の優れない王子を気遣い、中宗は特別料理を用意させる。しかし、それを食べた王子の手足が麻痺、料理を作ったカン・ドックが取り調べを受けることに。トックの人柄を知るチョン最高尚宮（チェゴサングン）たちは納得がいかない。しかし麻痺の原因が特定できない医者たちは、料理に毒が混入されていたと主張してくる。

王子の手足麻痺の原因が、食べ合わせにあることを身をもって証明したチャングム。晴れてトックは無罪放免となり、チャングムも治療を受け麻痺を治す。
女官長の誕生祝いを翌日に控え、ハン尚宮（サングン）はチャングムにチョン最高尚宮（チェゴサングン）の手伝いを申し付ける。女官長誕生祝いの宴は水刺間（スラッカン）の最高尚宮（チェゴサングン）が作る料理で締めくくるのが慣わしなのだ。
誕生祝いの当日。次々と高価な贈り物を贈られ、ご機嫌の女官長。締めの料理を食べた女官長はしかし、その味に激怒し自分への反逆だとまで言い放つ。その料理とは具合の悪いチョン最高尚宮（チェゴサングン）に代わり、チャングムが味付けしたものだった。チャングムは自分の味覚が麻痺したままであることに気付き、一人、治療法を模索する。
チェ尚宮（サングン）はこの期に乗じ、最高尚宮（チェゴサングン）の座を得ようと画策。それを察したチョン最高尚宮（チェゴサングン）は対抗策を講じる。

最高尚宮（チェゴサングン）の座を巡り、競合することになったハン尚宮（サングン）とチェ尚宮（サングン）。チェ尚宮（サングン）はクミョンを、ハン尚宮（サングン）はチャングムを助手に指名する。味覚を失っているチャングムはハン尚宮（サングン）に辞退を申し出るが、ハン尚宮（サングン）はチャングムの「味を描く能力」を最大限に引き出そうと、強引にチャングムの訓練を始める。
一方チェ尚宮（サングン）も周到に用意を始める。ヨンノをチャングムと同室にし、密かにハン尚宮（サングン）側の様子を探るよう指示。また女官長は本格的にチョン最高尚宮（チェゴサングン）の失脚を計り始める。
そんな時、宮中に一大事件が起きる。宮中のみその味が変わったのだ。みそは基本食材であるだけでなく、吉凶までも左右する。味の変化は不吉の前兆とされていたのだ。
女官長から原因追求を厳命されたチョン最高尚宮（チェゴサングン）は、これを競合の最初の課題として、ハン尚宮（サングン）とチェ尚宮（サングン）に言い渡す。

みその味が変わった原因を突き止めたハン尚宮（サングン）とチャングム。しかし、いまだ味覚の戻らないチャングムは気が晴れない。
その頃菜園ではウンベクが蜂の針の効能について調べていた。負傷した兵士がさらに蜂に刺されたところ、逆にその兵士は全快したのだ。ウンベクからその話を聞いたチャングムは、自分に蜂の針療法を試して欲しいと申し出るが、断られる。その様子を見ていたチョンホは、チャングムを慰めようと声をかける。
ヨンノはチェ尚宮（サングン）の言い付け通り、なにかとチャングムの様子を探ってはクミョンに報告。チェ尚宮（サングン）はチャングムの秘密に気付く。
毎年恒例のシンミジェ（新しく考案した料理を競い合う行事）の審査をハン尚宮（サングン）とチェ尚宮（サングン）がつとめることになった。チェ尚宮（サングン）は、これを利用しチャングムの味覚が失われていることを確かめようとする。

鯨の肉で串焼きを作ったチャングムの料理に中宗も満足し、おもしろくないチェ尚宮（サングン）。女官たち全員の前でチャングムが味覚を失っていることを暴露し、味覚を失った者が水剌間（スラッカン）に務まるかどうか、詰問。チャングムの味覚検査が行われることになる。すでに味覚が戻っていることを言いそびれていたチャングムは、アミの塩辛を使ったテストに全問正解、味覚が戻ったことをみなの前で証明する。チャングムは自分を助けてくれたウンベクとチョンホにお礼をする。
更におもしろくないチェ尚宮（サングン）は競合の取り下げを狙い、根回しをするが、その結果、競合は行なわれるがその判断は中宗ではなく皇太后が行なうことに。王子の誕生祝いの料理が最初の競合とされたが、その後、皇太后が新しい課題を出す。
一方その頃、チョンホは后の命を受け医務官と料理人を手配。幼い頃より皇后を世話してきた尚宮（サングン）が体調を崩し、ウナム寺で療養しているのだ。その料理人にトックが任命される。

皇太后による1回目の競合に敗れたハン尚宮（サングン）とチャングム。ハン尚宮（サングン）はチャングムに、療養中の尚宮（サングン）の世話係を言い付け宮中から追い出す。助手のいなくなったハン尚宮（サングン）に、ヨンノやチャンイはチャングムの代役を申し出る。
療養中の尚宮（サングン）の世話のためウナム寺に派遣されたチャングムは元気がなく、トックは気晴らしにとチャングムを海へ誘う。ウナム寺にはチョンホも派遣されていたが、チョンホは内密にある調査をしていた。医務官のお使いで市場へ出かけるチャングムにチョンホが同行。その帰り道、二人は正体不明の男たちに襲われ、ウナム寺で働く男にかくまってもらう。その男の山菜料理を食べたチャングムはその美味しさに驚き、秘訣を教えてくれとついて回る。
一方、容体の思わしくない尚宮（サングン）の最後の望みは子供の頃に兄から貰って食べた「もちもちして香ばしい米」をもう一度食べたいというもの。トックがあれこれ差し出したが、どれも尚宮の探している米ではなかった。チャングムは寺の男が干している米に思い当たる。

休暇をとったクミョンはチョンホを追ってウナム寺へ来たが、チョンホとチャングムが親しげに話しているのを見かけ、声を掛けることが出来ない。
その頃、宮中では皇太后から競合2回目の課題が発表された。肉の代わりに四季を通じて食べられる魚の刺身を工夫せよ、というもので、これは氷の調達に不自由しないチェ一族に有利なものだった。ハン尚宮（サングン）は一人、準備のため宮中を出る。
その頃、女官たちの宿舎に謀反者が逃げ込んだとの情報があり、兵士により一斉捜査が行なわれる。捜索に立ち会ったチョン最高尚宮（チェゴサングン）は、チェ尚宮（サングン）の部屋で、代々最高尚宮（チェゴサングン）にのみ受け継がれるはずの書物を見つける。
尚宮（サングン）のお世話を終えたチャングムは宮中に戻り、ハン尚宮（サングン）の許しを乞う。その頃、宮廷では風邪が流行っていたが、その後の調査により、風邪に似た疫病の可能性が高いと判明。感染の疑いのあるものは全員、直ちに、宮中からの退出が命じられる。女官長とチェ尚宮（サングン）は、この期に乗じ、あることを思いつく。

疫病感染の疑いがある女官たちは全員宮中を退出させられ、隔離治療を受けていた。その中に、持病を患っているだけのチョン最高尚宮（チェゴサングン）もいた。この期を利用して女官長たちは最高尚宮（チェゴサングン）職の交替を謀る。その根回しを最も周到にやってのけるのはクミョンだった。
その結果、当面、水剌間（スラッカン）の最高尚宮（チェゴサングン）代行を務めることになったチェ尚宮（サングン）。チェ尚宮（サングン）はハン尚宮（サングン）とチャングムに、明の使者への接待役として太平館行きを命じる。王位継承問題を話し合うため、まもなく明から使者を迎えることになっていたのだ。太平館での任務は、政治問題に巻き込まれるなど何かと辛い任務だった。ハン尚宮（サングン）は太平館行きを前に、トックにチョン最高尚宮（チェゴサングン）の見舞いを頼む。
明からの使節団が到着。今回の使者は山海の珍味しか口にしない食通として知られる人物。ハン尚宮（サングン）は、その使者の患っている糖尿病がこの長旅で悪化していることを知る。

明からの使者はチェ尚宮（サングン）の作った豪華な料理を口にしたものの、残りの滞在も引き続きチャングムとハン尚宮（サングン）の料理を食べると宣言。悔しいチェ尚宮（サングン）は女官長に、自分の采配で騒ぎが無事納まったと報告する。
疫病の疑いで隔離治療中の女官たちは快方に向かっていたが、チョン最高尚宮（チェゴサングン）だけは急激に悪化していた。チョン最高尚宮（チェゴサングン）の薬は直接宮中から処方されていたため、チョン最高尚宮（チェゴサングン）は、ミン尚宮（サングン）に頼み、町医者に自分の薬の内容を確認させる。
チャングムは后に呼び出され、ナウム寺で看取った尚宮（サングン）の様子を語ることに。同席した長官は太平館での出来ごとを引き合いに、チャングムならば心を尽くしたに違いないと后に告げる。太平館での出来事は后を通じて皇太后の耳に入る。
一方、自分の薬の内容を知ったチョン最高尚宮（チェゴサングン）は女官長を呼び出し、自分を宮中へ戻すよう取引を持ちかける。
その頃チョンホは横領疑惑の調査のため、トックに案内を頼みチェ・パンスルが出入りする料亭へ様子を探りに行く。

水剌間（スラッカン）の最高尚宮（チェゴサングン）の座を巡る競合は、どちらも1勝1敗。決戦となる最終課題は皇太后の誕生祝に出す料理と決まった。ハン尚宮（サングン）はその昔、チャングムの母ミョンイと埋めた甘酢を使うことに。そのころチャングムは母の日記から、かつて母が友人と一緒に埋めた甘酢の存在を知り、その在りかを突き止める。
一方のチェ尚宮（サングン）。ここまで来たら実力勝負、と小細工なしに料理に挑む。兄のパンスルは万全を期すため、チェ尚宮（サングン）に内緒でハン尚宮（サングン）の邪魔をする。
その結果食材を失ったハン尚宮（サングン）は、再度の準備をチャングムに頼み、足りない食材を入手するため、宮中を出る。その道中でハン尚宮（サングン）の乗った船が不審な航路を取る。
予定の時間を過ぎても戻らないハン尚宮（サングン）に、宮中では競合の中止が取りざたされる。

ハン尚宮（サングン）不在を知った皇太后は激怒するが、チャングムの人柄を知る后があいだをとりなし、競合は続行されることに。
その頃、ハン尚宮（サングン）は民家の蔵に幽閉されていたが、トックの知らせを受けて探しに来たチョンホが見つけ、救出。ハン尚宮（サングン）がようやく宮中に戻ったとき、全7品のうちすでに4品が終了し、チェ尚宮（サングン）側が3ポイントを獲得。しかしハン尚宮（サングン）は調理場に戻らず、チャングムにすべてを任せる。
その後、巻き返したチャングムとチェ尚宮（サングン）の対決は、食後のお菓子で勝敗が決まることに。皇太后は最後の一品を前に、今日の課題「最高の料理」はどれかと両者に質問。チェ尚宮（サングン）は絶賛されたヨンジョ（イノシシ肉の煮込み）を挙げ、チャングムはこれから出すお菓子がそれだといい、最後の一品を出す。
その頃、チョンホはチェ・パンスルの背後にいる「大物」の正体を知る。
後任の最高尚宮（チェゴサングン）が決まり、3日後の交替を控え、チョン最高尚宮（チェゴサングン）は禍根を残さないよう女官長らに頼んで回る。チョン最高尚宮（チェゴサングン）を母と慕うヨンセンは、涙ながらに、あれこれと身の回りのお世話をする。そして、その日がやってきた・・・。

水剌間（スラッカン）の最高尚宮（チェゴサングン）にハン尚宮（サングン）が任命されるも、納得しないチェ尚宮（サングン）はさらに反攻に出る。それを知ったチョン最高尚宮（チェゴサングン）は憤怒のあまり卒倒、病状から、そのまま宮中を退出することに。ハン尚宮（サングン）はヨンセンとチャングムを供につける。一方、チェ尚宮（サングン）は他の尚宮（サングン）たちに呼びかけ水剌間（スラッカン）での作業をボイコット、ハン尚宮（サングン）を孤立させる。
宮中を退出し民家で療養するチョン最高尚宮（チェゴサングン）に、中宗は侍医を遣わす。しかし間に合わず、チョン最高尚宮（チェゴサングン）はあとのことをチャングムに託して息を引き取る。
チョン尚宮（サングン）の葬儀を終え、宮中に戻ってきたチャングムはハン尚宮（サングン）を支えようと奮闘、女官見習いや男性料理人らの手を借りて何とか仕事をこなす。一方、あとにひけないチェ尚宮（サングン）も強硬手段に出る。事態は混迷を極め、皇太后も最高尚宮（チェゴサングン）職を任命した自分の決断に迷いを抱き始める。ハン尚宮（サングン）はついに決断し、皇太后にあることを申し出る。

競合のやり直しを皇太后に提案したハン尚宮（サングン）。さらに、自分が勝った場合には、事態収拾のため全権を与えてくれるよう申し出る。賛同する后を見、皇太后は今後の采配を后に委ねることに。
再競合の課題は「炊飯」。各厨房の尚宮（サングン）たちが試食し、多数決で決めることになる。クミョンは炊飯の秘技をチェ尚宮（サングン）に伝える。
母の日誌から、かつて母が友人とともに埋めた甘酢の存在を知ったチャングム。甘酢を探し出し、母の友人に宛てた手紙を甘酢の瓶に入れる。チョンホは極秘にすすめている横領疑惑調査のため、内禁衛（ネグミ）から司憲府(サホンブ)に異動。さらなる調査のため、チョンホはハン尚宮(サングン)にあるお願いをする。
新しい最高尚宮（チェゴサングン）のもと水剌間（スラッカン）新体制が発表され、ある役職が復活することになる。

チェ尚宮（サングン）に指示され、チャングムの帳簿を盗み出したヨンノ。その中にはチャングムの母ミョンイの日誌もあったが、チェ尚宮（サングン）はそれと気付かず返却させる。ヨンノは料理の秘訣が書かれた日誌と知り、盗み見しているところをハン最高尚宮（チェゴサングン）に取り上げられる。その日誌を見たハン最高尚宮（チェゴサングン）は一目で親友ミョンイの日誌と知る。
一方、ヨンノはハン最高尚宮（チェゴサングン）に見つかったことをチェ尚宮（サングン）に報告。その様子から、チェ尚宮（サングン）もその日誌を書いた人物に思い当たり、さらにそれを持っていたチャングムの素性を悟ることに。衝撃に震えるチェ尚宮（サングン）をクミョンが支える。
一方、宮中物資の横流しは司憲府(サホンブ)を通じて中宗に報告される。危機感を募らせたオ・ギョモらは、自分たちを脅かす人物がチョンホであることを突き止め、チョンホ追放を画策。それを知ったクミョンは密かにチョンホを呼び出す。

ついに互いの素性を知ったチャングムとハン最高尚宮（チェゴサングン）。胸のうちに秘めていた思いを語り合い、喜びの涙にむせぶ。と同時にチャングムは、かつて自分と母ミョンイの命を狙った人物がチェ一族であることを知る。チャングムが隠していたミョンイの手紙も盗まれており、チェ尚宮（サングン）の手に渡ったと察したハン最高尚宮（チェゴサングン）。チャングムをチェ一族から守るため、先手を打つ。
一方、内禁衛（ネグミ）に戻り、異国の密偵の動向を探るため地方に派遣されたチョンホ。しかしそれは表向きの処遇で、実際はトックの家に潜伏しオ・ギョモ一派の調査を続けていた。チャングムは亡き両親の無実を晴らす手助けをチョンホに頼む。
その頃、中宗は療養のため宮中を出て温泉に行くことになり、水剌間（スラッカン）も同行することに。その湯治場はハン最高尚宮（チェゴサングン）が自ら推薦した場所で、チャングムにもゆかりのある場所だった。ハン最高尚宮（チェゴサングン）らの外出を知ったチェ尚宮（サングン）は、さっそく手を打つ。

温泉から戻った中宗が高熱で倒れ、意識不明となった。原因を探し出せず処方の効果も出ないことから、侍医と医務官チョン・ユンスに誤診の疑いがかかる。チェ尚宮（サングン）はこれを好機に、兄パンスルを通じて医務官ユンスを抱込みにかかる。
計画通りにことは進み、ハン最高尚宮（チェゴサングン）の身柄は拘束されチャングムも調査対象に。さらに湯治場のアヒルが硫黄を含む温泉水を飲んでいたことから、中宗に毒を盛ったとしてハン最高尚宮（チェゴサングン）の罪が問われることに。チャングムに頼まれたトックは、チョンホと一緒にアヒルの調査に出かける。
チェ一族にとっては積年の不安を取り除く好機、また、オ・ギョモにとっては敵対する政治勢力を一掃する好機とあって、両者は固く結託。チョンホがハン尚宮（サングン）らと関わりがあることを知ったパンスルは、チョンホも一緒に陥れようと思い付くが・・・。

アヒルの安全性を主張するチョンホの報告を受け、内禁衛（ネグミ）長主導でアヒル料理の検証が行なわれる。ハン最高尚宮（チェゴサングン）とチャングムは料理を再現し、試食が行なわれるが、しかし、クミョンの画策により試食をした人物が翌日高熱で倒れる。形勢は一気に逆転、内禁衛（ネグミ）に被害が及ぶことを恐れた内禁衛（ネグミ）長はチョンホを自宅の蔵に幽閉。パンスルはチョンホの部下をもう一人の標的に仕立て上げる。
チョンホの部下、アヒルを売った店の主人、ハン最高尚宮（チェゴサングン）とチャングムは厳しい取調べをうける。拷問に耐えかねたアヒル屋の店主はついに偽りの自白をし、ハン最高尚宮（チェゴサングン）もそれに倣う。ハン最高尚宮（チェゴサングン）は自ら罪を被ることでチャングムを助けようとしていたのだった。生き延びて、いつか代わりに名誉を回復して欲しいと頼むハン最高尚宮（チェゴサングン）に、チャングムはもう独り残されるのは嫌だと訴える。
その頃、オ・ギョモは謀反人全員の死刑を中宗に申し出ていた・・・。

ハン最高尚宮（チェゴサングン）を失ったチャングムは、一人、済州島（チェジュド）へ送られる。チョンホは幽閉されていた蔵から抜け出し、馬を走らせるも、チャングムを乗せた船はすでに岸を離れていた。
ハン最高尚宮死去の知らせは宮中に伝わり、ヨンセンは自分も済州島に送ってほしいとクミョンに懇願。トックはチャングムを助けに済州島へ向かおうとするが、妻にたしなめられる。トックの妻はようやく姿をあらわしたチョンホに罵声を浴びせ、チャングムなら人を見捨てたりしない、と以前傷を負ったチョンホの介抱をした人物がチャングムであることを打ち明ける。チョンホは職を辞し、済州島へ向かう。
そのころ済州島では、何度も脱走を試みるチャングムに担当の軍人クマンが手を焼いていた。チャングムは幽閉された蔵の中で、同じ奴婢の女性チャンドクと出会う。チャンドクはチャングムに脱走の手引きをする。

奴婢のチャンドクは医女で周囲から敬われている人物。しかしチャングムに「逃亡を助ける」と嘘をついたり、横柄な態度で、チャンドクが尊敬に値する人物だとは到底思えないチャングム。チャンドクはチャングムの意向に構わず、自分の仕事を手伝わせる。
そのころトックは中宗の一件で売れ残ったアヒルを全部引き取り、食べつづける毎日。同じくアヒルを食べ続けているトックの妻の身体に異変が起こる。また宮中では、ヨンセンがアヒル料理について再調査。試食し高熱を出したホンイが直前にヨンノに呼ばれていたことがわかるが、ミン尚宮（サングン）は不問に付すようヨンセンに言い含める。いまや水剌間（スラッカン）はチェ最高尚宮（チェゴサングン）の時代なのだ。それでもチャングムを慕うヨンセンは、一人、涙にくれる。
一方、チェジュドのチャングム。チャンドクが軍人クマンと一緒になって、兵士を動員して何かを作っていることを知り、チョンホに告げ口する。しかしチョンホが見たところ、クマンは信望の厚い人物に思われた。

優れた医女であれば、奴婢の身分でも宮中に入れることを知ったチャングム。医女になる決意をし、改めてチャンドクの元を訪れて頭を下げる。チャンドクはチャングムに指導を始め、ほかの見習い奴婢たちはチャングムに嫉妬する。しかし、チャンドクの指導は厳しいもので、ほかの見習い奴婢たちは次第にチャングムに同情し始める。チョンホは医学を学ぶチャングムに協力する。
一方の宮中では、一人で過ごすことが多くなったヨンセンにある人物が声をかける。
チャンドクに連れられ、流刑者の診察に立ちあうチャングム。流刑者の診察は禁じられており、診察すればチャンドクも処罰を受けることになる。しかしチャンドクにはこの患者をほうっておけない理由があった。また別の患者の診察で、ほかの医者からもらったという処方せんを見たチャンドクはその医者をヤブ医者呼ばわりする。その「ヤブ医者」とは、チャングムが宮廷の菜園で一緒だったチョン･ウンベクだった。

トックはチャングムに会うためチェジュドに向かう。トックの妻は酒の注文があるため家を留守に出来ず同行できない。妻はトックに土産を持たせる。
そのころチャングムは一人修練を続けていたが、それには理由があった。チャンドクを被験者に鍼（はり）を練習していたとき、打ち方を間違えて、チャンドクを殺しかけたことがあったのだ。それ以来、チョンホたちが心配するほど、チャングムは過酷な修練を自らに課していた。そんな時、トックがチェジュドに到着する。
チェジュドから馬を献上することになり、チョルラドまでの搬送にチョンホ率いる水軍が動員される。このところ献上品を載せた船が海賊の襲撃にあっていたため、護衛することになったのだ。しかし今度は逆に、護衛が手薄になった島を海賊が襲撃。役所のある島の中心部は占拠され、逃げ遅れたチャングムたちは捕らえられる。海賊たちの襲撃にはある事情があった。

海賊のかしらに施療したことから、謀反の罪に問われ義禁府（ウィグムブ）に連行されたチャングム。チェジュドの長ハン・ドンイクは宮廷に、奴婢が海賊と通じていたため敢えて後退し、隙を見て反撃したと報告。チャングムは裏切り者として取調べを受ける。同行していたチョンホが報告書の虚偽を暴くも、ハン・ドンイクはオ・ギョモの後ろ盾を得ており、チャングムが敵の大将を治療した事実は否めない。真相は宮中にひそかに広まり、医女たちは「チェジュドの女」の行為に関心を持つ。医女としてどう行動すべきか、考えあぐねる医女たちは、后にその話をする。
ピョンアンドで女真族撃退の手柄を立てた長官キム・チソンが、宮中に取り立てられることに。キム・チソンはチョンホを高く評価している人物で、今回の栄転にともない、チョンホも宮中へ戻るよう要請する。一方、宮中の医局に戻ったウンベク。「チェジュドの女」の話を聞き、チャングムをたずねてくる。実は数日後に医女試験が控えていたのだ。医女試験は不定期のため、これを逃すと次はいつになるかわからない。チャングムには絶好のチャンスだったが・・・。

医女試験に合格し、修練生となったチャングム。これから半年の間で50の試験を受け、成績のよい順に配属が決まることになる。不可を3つとると落第となり、医女の資格を得ることが出来ない。チャングムはさっそく、教授シン・イクピルから不可を一つ与えられる。一方、もう一人の教授イ・ヒョヌクは、経典を読み解いたチャングムの聡明さに着目する。
宮廷に戻り、司憲府（サホンブ）の監察官の任に就いたチョンホ。同士を集めようと、理想を同じくしたかつての仲間を訪ね歩く。また、トック夫妻は以前のように宮中に酒を納めることが出来るようになる。
シン教授の授業で医学の知識の豊富さを披露するチャングム。それでもシン教授のチャングムへの厳しい評価は変わらない。一方のイ教授はチャングムを呼び出し、修練生全員で宴会に出席するよう言い渡す。宴会の日はシン教授の実習と重なっていた。

修練生仲間シンビの真摯な態度から、シン教授の教えの意図するところを理解したチャングム。決意も新たに、医女の修練に取り組む。そのころ、チェジュドからチャンドクがやって来て、トックの家に滞在することに。
半年後。修練終了を翌日に控え、イ教授の試験結果が発表され、二人の落第者が出る。宴会に出席しなかったチャングムとシンビだ。チャングムはシン教授からつけられた不可2つとあわせて3つ目の不可、また今まで不可のなかったシンビは一度に3つの不可をつけられていた。シン教授はイ教授に抗議するが、それぞれの担当評価に口をはさむことは出来なかった。翌日、医女修練の成績が発表される。

シンビとともに、晴れて宮中の医局、内医院（ネイウォン）に配属されることになったチャングム。これから1年は見習いとして、正式な医女になるための修練を重ねることになる。そこへ召集がかかる。后に流産の兆しが現れたのだ。召集の場で、チャングムは水剌間（スラッカン）の最高尚宮（チェゴサングン）となったクミョンと顔を合わせる。医女見習いとして后に薬を持っていったチャングムはまた、いまや女官長のチェ尚宮とも再会する。一方、特別尚宮（とくべつサングン）になったヨンセンやミン尚宮（サングン）とも再会を果たしたチャングムは、その後の宮中の経緯を教えてもらう。
チョンホは上司の左賛成（チャチャンソン）の元、オ・ギョモ一派の一掃を目指し動き始める。中宗が左賛成（チャチャンソン）の提案に同調気味なことから、権力闘争は激しさを増していた。危機感を募らせるオ・ギョモ一派。チョンホは改革を推し進めるため、またチャングムの身を守るため、オ・ギョモに対し先手を打つ。

流産した后はその後回復せず、治療の効果もでていない。脈診したチャングムとシンビは担当医女ヨリの診断に、今ひとつ納得できないでいた。しかし、ヨリは脈診に秀でた人物で周囲からも信頼されている医女。そのヨリの脈診から後陣痛と診断、鍼灸するが、后の容態はさらに悪化する。
シンビはシン・イクピルに、チャングムがヨリとは別の脈診判断であることを打ち明ける。シン教授は皆の前でチャングムの見解を聞くことに。一方のヨリも自分の脈診を主張して譲らず、ヨリとチャングムの両者により、再び后の脈診が行われることになる。后の担当医官ウンベクは二人の脈診結果を受け、あらたに処方を下す。
そのころチャンドクは、薬房を設け診療を始めていた。チャンドクには、まだまだチャングムに教えたいことがあるのだ。
チョンホは国防に必要な新しい兵器の予算捻出策を提案。中宗の支持を得、ますます窮地に追い込まれるオ・ギョモ。対抗策にチェ女官長はあることを思いつく。

チェ女官長の働きかけで、皇太后が中宗に異を唱え、病気の治療を受けないと宣言する。皇太后は関節炎が悪化しており、また加齢のため、その他の症状があらわれにくく、予断を許さない状況にあった。中宗は母親を見殺しには出来ないと、皇太后に治療を受けさせるべく、公務は二の次にして、皇太后の機嫌を取り戻すことに専念。自身も食を絶ち、懸命に懇願する。
今回の騒ぎの矛先が、実は左賛成（チャチャンソン）とチョンホに向いていることを察したチャングム。また、シン・イクピルとイ・ヒョヌクの因縁にも自分が関与していることから、チャングムは皇太后に賭けを申し出る。自分が出す謎に、皇太后が答えられればチャングムは命を差し出し、答えられなければ皇太后は治療を受ける、という条件。皇太后はチャングムの賭けに応じる。謎解きの猶予は一日。宮中はこの話で持ちきりとなり、トック夫妻は謎が解けず夜も眠れない。謎を解いたクミョンはチェ女官長を通じ、皇太后に報告する。そして、約束の時間がやってきた。

皇太后の容態が急変する。治療を拒否していた間に、薬を受け付けることが出来ないほど体が弱り、さらに脚気（かっけ）を発症していた。今の体力では鍼を打つことも出来ず、イクピルは治療法を模索する。ウンベクは水剌間（スラッカン）に食事を指示。しかし脚気によい食材はすべて皇太后の苦手なものばかりだった。クミョンに頼み、皇太后の今までの献立を見せてもらったチャングムはあることに気付く。チャングムの話を聞いたイクピルは、皇太后向けの特効薬作りをチャングムに任せる。
クミョンは内医院（ネイウォン）の指示に従い、皇太后の食事を用意。しかし、嫌いな食材を使った料理とあって皇太后の食は進まない。一方チャングムの作った丸薬は味もよく、皇太后に好評だった。不審に思ったヨリはチャングムの後をつけ丸薬の秘密を暴く。それを聞いた后とユンスは、チャングムの行為を皇太后へのあざむきだと激怒。しかしそのころ、皇太后の身体には変化が訪れていた。
ふたたび頭角をあらわし始めたチャングムに、危機感を募らせるクミョンたち。それを察したヨリはチェ一族に取引をもちかける。

医女チャングムが以前、水剌間（スラッカン）の女官だったことを思い出した后。后の様子に気付いたクミョンは、ヨリを呼び出す。そのころ都の近くで疫病が発生し、中宗は医務官と医女の派遣を言い渡す。ヨリは自ら疫病地域への派遣に志願、その一方で、策をろうしてチャングムの失態を作り出す。策にはまったチャングムは内医院（ネイウォン）内で孤立、医女仲間の和を乱したことから疫病地域へはチャングムが派遣されることになる。ヨリは疫病地域へ同行するユンスにあとのことを頼む。
疫病地域へはユンスのほか、特使補佐としてチョンホが同行していた。ユンスはチャングムに宮中から持ってきた薬材の管理を任せる。しかし状況は深刻で、宮中からヨリたちも動員されることに。原因が特定できないまま患者は増えつづけ、疫病の発生した村に封鎖令が出されることになる。

姿の見当たらないチャングムを探し、封鎖された村に戻ったチョンホ。チャングムを見つけたものの、仲間に見捨てられたチャングムの嘆きは深い。
一方、見捨てられた村人たちの怒りは戻ってきたチョンホに向けられる。チャングムは村人に治療を約束し、いったんは怒りを収める村人たち。しかし薬がほとんどないことを知った村人は再び暴徒化する。チャングムは村人と再度治療の約束を取り付け、チョンホに村を出て薬を調達するよう頼む。チョンホはチャングムに教わった薬屋を目指し、馬を走らせ村を出る。
一人村に残ったチャングムはできる限りの治療を開始、しかしそのチャングムにも疫病の症状があらわれ始める。それを知った村人は怒りに任せ、蔵にチャングムを閉じ込める。
一方そのころ、宮中では特使補佐のチョンホの無断離脱が取りざたされていた。内医院（ネイウォン）ではチャングムが逃亡したとの見方が大半を占め、免職は時間の問題だった。ヨリはクミョンに自分の望みを告げ、クミョンはヨリをチェ女官長に引き合わせる。

自ら実験台となって食中毒にかかったチェ女官長。その治療をチャングムが担当することになり、チャングムに医術を悪用し恨みを晴らす絶好の機会が訪れる。
オ・ギョモは、手柄を立てたとはいえ半月以上も報告を怠ったチョンホの責任を追及。チョンホは免職を余儀なくされる。そのころ内医院（ネイウォン）では、チャングムとヨリが対立。チャングムに封鎖令を伝えたとあくまで主張するヨリ。シンビはチョドンを使ってひそかに真偽を確かめる。それを知ったヨリは、皆の前で自ら異動を申し出る。
特別尚宮（とくべつサングン）のヨンセンが懐妊。淑媛（スグォン）の位を授かったヨンセンはミン尚宮（サングン）とチャンイを自分付の女官に命じる。専従の医女にはヨリが配属されることに。ヨンセンは自分の母親が出産を機に体調を崩していたことから、出産に不安を抱いていた。

医女たちによりヨンセンの脈診が行われる。医女たちは皆､ヨリの診断と異なり高血圧の診断を下す。シン・イクピルから問い詰められたヨリは、あくまで貧血と高血圧の見分けがつかなかったと主張。妊娠に関わる誤診のため医女にあるまじき未熟さと、シン・イクピルはヨリの恵民署（ヘーミンソ）への更迭をユンスに訴える。一方チャングムはヨリにチェ女官長への伝言を告げる。
アヒル事件の真相を明らかにするために、あの時中宗が倒れた真の原因を突き止めたいチャングム。医学を学んだ今、チャングムは誤診の可能性が最も高いと思っていた。王族には病歴の記録簿が残されている。しかしそれは王室の内密事項に関わるため、チャングムの立場では閲覧できない。チャングムは記録簿のある内書庫（ネソゴ）へ入る手段を思いつき、強行する。
チャングムとチョンホが日ごとに脅威となってきたチェ一族。ある企てを思いつくが、チェ女官長はクミョンに決断をゆだねる。クミョンはある思いを胸に､民家にチョンホを呼び出す。
中宗の身体に異変が起こる。いつもの傷寒症を発症したようだった・・・。

チャングムを追い詰めようとしたものの、内侍府（ネシブ）の長官に阻まれたチェ女官長。ユンスを呼び出し、次なる手を考える。ユンスは内侍府（ネシブ）の人間の抱きこみを提案、チェ女官長はオ・ギョモに頼み、ことを進める。
ユンスは中宗を傷寒症と診断していることに一抹の不安を抱いていた。ヨリを使ってひそかに別の処方を試し始める。ユンスたちの動きに気付いたチャングムは、誤診が隠ぺいされる前に真の病気を明かさねばと、急ぎ解明に取り組む。
パンスルの働きかけで内侍府（ネシブ）の人間から証言を得たチェ女官長は、再び内侍府（ネシブ）の長官に詰め寄る。窮した内侍府（ネシブ）の長官は判断を后に委ねることに。事の次第を知った后は、チャングムに掟どおりの処分を厳命する。屍（しかばね）の門から袋が運び出されるのを確認したチェ女官長とクミョン。安堵したのもつかの間､今度はクミョンが取調べを受けることに。傷寒症で療養中の中宗が倒れたのだ。

后に命じられ､中宗の病気の真相を突き止めることになったチャングム。内侍府（ネシブ）の長官に連れられて行った菜園には、チョンホとチャンドクが待っていた。すでに菜園には中宗と同じく傷寒症を繰り返している患者が集められており、チャングムは早速、治療を始める。
一方､宮中では相変わらず水剌間（スラッカン）と内医院（ネイウォン）が責任のなすりあい。チョンホの提案でウンベク､イクピルも中宗の脈診をすることに。これ以上チェ一族との対立を長引かせたくないユンスだが、ヨリはさらにクミョンを陥れる細工をする。そのためパンスルの屋敷にまで捜査が及ぶことになる。ヨリは状況を報告するため､ある家を訪れる。
チャングムはシンビに頼み､以前王殿に仕えていたウンビから話を聞きだす。ささいな症状のため中宗の病状日誌に書かれていない事柄が、実は病状に関与しているのではないか､とチャングムは推測していたのだ。ウンビとシンビの会話を偶然耳にしたユンスもあることに思い当たるのだった。
窮地に陥っているチェ一族の頼みの綱はオ・ギョモ。しかしオ・ギョモ自身も保身を図り､クミョンにつづき､チェ女官長､チェ・パンスルも投獄されることになる。

患者たちの治療を続けた結果､病名はわからないものの中宗の病気の真相を確信したチャングム。時を同じくして、医学書を読みあさったユンス､そしてウンベクとイクピルも真相に気付く。宮中に戻り后に報告するチャングム。そこへユンスが姿をあらわし、病名と処方をチャングムに先んじて告げる。しかしユンスの処方はチャングムのそれとは異なるものだった。
一方､后が独断でことを進めていることに不満のオ・ギョモたち。しきたりを無視したやり方だと后を非難し、医局長ユンスとオ・ギョモに主導権を戻すよう要請､后も従わざるを得なくなる。
しかしながらユンスの処方で中宗の病状は悪化、后はあらためてチャングムに中宗の治療をゆだねることに。また同時に、チェ女官長とクミョンにきせられた疑いも晴れることになる。チェ女官長はヨリを試し､ヨリの背後にいる人物の正体を知る。
いったんは回復の兆しを見せた中宗だが､容態は再び急変。捕らえられ后に詰問されたチャングムは、治療を間違えたのではなく病が進行した結果だと告げる。

チャングムの治療により、中宗は視力を取り戻す。病名はユンスと同じながら処方が異なった理由を説明するチャングム。一同は感嘆し、オ・ギョモはユンスから医局長の座を取り上げ、自らの保全と巻き返しを図る。病気の真相が明らかになったことから、クミョンとチェ女官長への嫌疑も晴れ釈放されることに。チェ女官長は早速、自分たちを積極的に助けてくれなかったオ・ギョモに詰め寄る。
チャングムはヨンセンを通じて、中宗に拝謁。ハン尚宮（サングン）の名誉を取り戻してくれるよう訴えるが・・・。
医局長の座を追われ、身の処し方に思い悩んでいるユンス。チャングムはチョンホと一緒にユンスを訪ねる。今回の件で誤診が明らかになった以上、アヒル事件についてもユンスの証言を得たいチャングム。時を同じくして、チェ一族がユンスの自宅に刺客を送り込む。

自殺した医局長ユンスの遺書の存在を巡り、疑心暗鬼のチェ一族とオ・ギョモ。チェ女官長は意を決してチャングムを訪ね、ミョンイの墓前に案内してもらう。
一方、ヨンノの心変わりに気付いたチェ一族はオ・ギョモ側の意図を知り、ヨンノをいち早く探し出す。ついにオ・ギョモへ反旗をひるがえすチェ一族。とくにチェ女官長はクミョンとチェ一族を守るため、あらゆる火種を消しにかかる。
中宗は医局長の遺書をチャングムが持っていると聞き、内侍府(ネシブ)の長官に入手を命じる。また、チェ女官長から聞かされた皇太后もチャングムを呼び出し遺書のありかを問い詰める。チャングムは真実を后に打ち明けることに。
ヨンノの告発により、免職処分になったオ・ギョモ。そんな時、ヨリがユンスの遺言を役所に届け出た。あらためて取調べを受けるオ・ギョモ。そこへ内侍府(ネシブ)の長官が現われ、王命を伝える。アヒル事件の関係者を再度、全員取り調べよ、とのことだった。

チョンホにともなわれ姿をあらわした医局長ユンス。あわてたオ・ギョモとチェ女官長は互いに罪をなすりつけ、その結果、これまでの悪事を暴露しあうことに。報告を受けた中宗は今回の件を左賛成に一任。チョンホはパンスルの屋敷を捜索し、パンスルを捕らえる。
一同の取調べが始まる直前、チェ女官長が逃亡を図る。宮中内に潜み、尚宮（サングン）たちに助力を求めるが、応じるものは誰一人いなかった。チャングムはチェ女官長に自首するよう勧め、チェ女官長は今一度ミョンイの墓前に向かう。
取調べが終わり、それぞれの刑が決まった。クミョンはチャングムにあるものを手渡す。刑に服するクミョンに、最後の声をかけるチョンホ。答えるクミョン。
中宗は、自分の病を明かし、オ・ギョモらの悪行も明かしたチャングムにほうびを遣わし、チャングムに願いをたずねる。チャングムには三つの願い事があった。

即位前、自分の元へ酒を配達に来た幼い娘がチャングムであることを思い出した中宗。チャングムとの縁を感じ、より信頼感を深くする。今一度チャングムに願いをたずねる中宗に、チャングムは活人署（ファリンソ）への異動を願い出る。
活人署（ファリンソ）での初日、チョンホが仕事の前に立ち寄ってくれていた。しかし素っ気ないチョンホに、チャングムは不安を感じる。
チャングムのいなくなった宮中では、水剌間(スラッカン)、内医院(ネイウォン)ともに立て直しを図っていた。水剌間(スラッカン)では新しい最高尚宮（チェゴサングン）が選ばれることに。
そんな時、后がチャングムを宮中に呼び戻す。后は、皇太子の義弟となる自分の息子キョンウオン王子の行く末を案じていた。チャングムに助けを求める后。后の真意を知ったチャングムは思い悩み、活人署（ファリンソ）にチョンホを訪ねる。一方、后とチャングムの会話の一部を立ち聞きした中宗は、ある決断をする。

チョンホは宮中に辞職願を出し、チャングムはトックの家に置手紙を残し、二人で船に乗る。二人の逃亡に気付いたトックは後を追いかけ、チョンホの上司右議政も追っ手を送る。
チャングムを主治医に命じるという中宗の発言は、宮中に大きな波紋を呼んでいた。左議政はチョンホを従える右議政の策略かと疑い、しきたりを重んじる皇太后の憤りは激しかった。また内医院(ネイウォン)内でも、医務官の面子をつぶしたチャングムへの反感が生じていた。
右議政の追っ手に行く手をさえぎられたチョンホとチャングム。チョンホは考え直し、チャングムを連れ宮中へ戻ることに。その道すがら、右議政らの思惑とは逆に、チョンホはチャングムに王の主治医を引き受けるよう説得。チャンドクも支持する。
宮中へ戻り、王命を受けたチャングムへの非難は高まる一方。チャングムを支持するチョンホは、上司の右議政だけでなく、儒生や学識者からも造反される。内医院(ネイウォン)は全員、辞職願いを提出したイクピルに従う。また、チャングムに中宗との拝謁を取り持ったヨンセンは皇太后に呼び出さることに。ヨンセンは心痛のあまり産気づくが、産み月にはまだ日にちがあった・・・。

高熱から意識を失ったキョンウオン王子の病気の即断を避けたウンベク。中宗は后に、チャングムに治療を任せることを提案するが、后は拒む。チャングムは再び活人署（ファリンソ）へ戻ることに。しかし中宗のもとへはチョンホを弾劾する上訴文が引き続き届けられていた。中宗はチョンホを呼び出し、チャングムを支持する理由を問いただす。
キョンウオン王子は天然痘と判明。治療法が確立されておらず、運良く助かっても重い後遺症が残る。また伝染病でもあることから、内医院(ネイウォン)は都の視察も始めることに。その頃すでに、都では天然痘に効果があるという薬が配布され、また予防法が広められていた。視察中のイクピルたちは、天然痘患者が集められているという西の活人署（ファリンソ）へ向かう。そこはチャングムが配属されているところだった。
宮中では、キョンウオン王子の身を案じる后がやりきれない毎日を送っていた。わが身を省みず王子の隔離室へ向かう后に、中宗も胸をいためる。イクピルはそんな后の姿に、西の活人署(ファリンソ)で治療にあたっているチャングムの姿を重ね合わせる。

キョンウオン王子の天然痘を治したことから、中宗はチャングムに品階を与え、再び王の主治医を命じる。イクピル率いる内医院(ネイウォン)は王命に従うと表明。チャングムに刺激され、内医院(ネイウォン)内はやる気と活気が溢れていた。しかし大臣たちは激しく反発し、また皇太后も王殿の前に座り込んで抗議する。
夜、医女の部屋にチャングムを訪ねる中宗。チャングムは中宗を散歩に誘い、王ゆえの緊張と心痛を解きほぐすべく、アドバイスする。チャングムは、心許せる相手と語らうことも勧めるが、中宗にはそんな相手が思い浮かばないのだった。
中宗とチャングムが治療の一環として行っている散歩は、宮中の皆が知るところとなる。心配なチョンホ。皇太后はいっそのことチャングムを側室にするよう、中宗に進言。チョンホとチャングムの仲を知ったヨンセンは、中宗にチャングムの気持ちを尊重するよう嘆願。また后はチャングムに、中宗にその気がないから側室になる心配はないと告げるが・・・。

チャングムの、チョンホへの気持ちを確認した中宗。翌朝、中宗はチョンホに、自分のチャングムへの思いを告白。あるものを賭け、チョンホと弓の競争をする。一方后は、中宗の意思を確認し、チャングムを側室にする準備を始める。
チョンホは中宗に拝謁し、中宗の臣下としての自分のあり方とチャングムへの思いを直訴。チョンホの言葉をうけ、中宗も自分なりのチャングムへの愛し方を考え、王命を下す。それは君主としての命令であり、一人の男性としての願いでもあった・・・。

大長今（テジャングム）の称号を与えられ、王の主治医としての日々を送るチャングム。しかし加齢とともに中宗の身体を病魔がむしばむ。チャングムは、唯一の治療法として腸閉塞を起こした部分を切除することを提案。しかし刃物で人体を切るという初めて聞く治療法に周囲の反対はすさまじく、チャングムを支持している内医院(ネイウォン)でさえその無謀さを問う。大臣たちはこぞってチャングムを王の主治医の座から下ろし、厳罰に処すよう、中宗に直訴する。そもそも王の主治医とは、王の崩御とともに「王を守りきれなかった」罪により死罪となることが常だったのだ。
間もなく訪れるであろう死期を悟った中宗。チャングムを守るため、内侍府(ネシブ)の長官にある密令を下す・・・。