※2019年8月13日(火)スタート！

軍官の父に憧れて育ったジュンは聡明な少年だったが、身分の低い側室の母から生まれた庶子の自分が望み通りに生きるのは難しいと悟る。成長後、自暴自棄な生活をするジュン(キム・ジュヒョク)は密貿易に手を出して捕まり、父の配慮で遥か南の地・山陰へと逃げることに。そのころ、父が謀反の疑いをかけられて追われた両班の娘ダヒ(パク・ウンビン)と出会ったジュンは、彼女と生きる決心をして共に旅立つが、途中彼女の身分回復を知らされ、身分違いの結婚はできないと彼女を置いて母と山陰にやってくる。そこで名医と名高いユ・ウィテ(ぺク・ユンシク)を知り、彼に弟子入りを志願するのだった。
間もなく山陰まで追ってきたダヒと再会し結婚したジュンは、妻や母に支えられながら「心医」を目指して邁進していく。だが、その道は険しく、様々な苦難に満ちていた...。

軍官ホ・リュンの息子として生まれたジュンは、父のような武人になることを夢見ている。しかし、母が側室で賤しい身分の出であることから、本妻や異母兄のソクからは見下される日々を送っていた。そんなある日、書堂でジュンと比較され師から叱責されたソクは、ジュンを雪原に連れていき、服を脱がせた上に置き去りにしてしまう。気を失っていたジュンは元内医院の医官だったという男に助けられる。その男は王族を死なせた罪を問われ、人里離れた村に流されていたのだった。ジュンは男のもとにいた少女ミヒョンが気になって再び村を訪ね、身寄りがないミヒョンと友人となり、楽しい時間を過ごす。間もなく、女真族が襲来し...。

ホ・リュンは女真族の頭目を捕える手柄を立てるが、報復として多くの民が捕虜となる。ミヒョンと共に女真族の捕虜となってしまったジュンがホ・リュンの息子だと知った彼らは、獄にいた頭目とジュンの交換を持ちかける。だが、上官の反対に遭い、父はその申し出を拒否せざるを得ない。父に捨てられたと聞かされたジュンは、一人逃げ出す途中ミヒョンの遺体を見つけて号泣する。途方に暮れるジュンは、再会した父に「自分の立場がわかった」と告げる。

10年後、成長したジュンは幼なじみのヤンテらを従えて密貿易で稼いでいた。賭場に出入りし妓房で酒浸りになり、喧嘩沙汰を起こす彼は"龍川(ヨンチョン)の暴れ馬"と呼ばれ、母を心配させる。ある夜、役人に捕まった取引相手を助けたジュンは、それが父の病気のために薬を手に入れようと男装した両班の娘ダヒだと知る。郡守の父に呼ばれ、日頃の行動を叱責されるジュン。その帰り、手配書でダヒが謀反人の娘で父と共に追われる身だと知り、彼女に逃げるように知らせに行く。その時、容態が悪化したダヒの父は息を引き取り、ジュンは埋葬の手伝いをしてやる。さらに、彼女のために金を稼ごうと危険を承知で密貿易の取引に行くが捕えられてしまう。

捕縛されたジュンは父の前で身分差別を受ける悔しさを訴える。そんなジュンを打ち据えた父は彼を牢に入れる。その夜父は、明日は平壌に連行され処刑される身となったジュンを秘かに連れ出し、母と山陰(サヌム)に逃げろと言う。父の想いを知ったジュンは涙するのだった。そして、ダヒを迎えに行き、一緒に新たな人生を生きようと訴える。追っ手が迫る中、母とダヒを連れたジュンはなんとか都・漢陽(ハニャン)に辿り着いた。だが、金を持ち逃げされ犯人を捜し当てたものの、揉めているところに役人が来て投獄されてしまう。牢の中で、父の濡れ衣が晴れたダヒの身分回復を知ったジュンは、解放されるとダヒに黙って旅立つ。ダヒは残された手紙でジュンが去ったことを悟る。

長旅の末にジュンと母はようやく山陰(サヌム)に到着。父からの紹介状を持って県監を訪ねるが、頼みにしていた県監は退職していた。途方に暮れるジュンに猟師のイルソが、身分札を都合してやると声をかけてくる。家に戻ると母が腹痛で苦しんでいた。名医と名高いユ・ウィテの医院へ連れていくと、ウィテは顔を見ただけで診断を下す。ジュンを騙したイルソは彼の怒りに恐れをなして、償いに母子を自分の家に置くことに。ウィテの医術に接したジュンは、彼に医術を学ぼうと決心。イルソの紹介で医院の門を叩く。弟子たちに追い払われそうになるが、来合わせたウィテに採用される。水汲みから始めたジュンは、汲んできた水のことで咎められ、ウィテから水を浴びせられ...。

「一度の失敗が人の命を奪う」と言われるジュン。誰の助けもない中で、ウィテの養女でサムジョク大師と医療活動をして戻ったイェジンだけが、ジュンに治療に使う水について教えてくれた。必死で水を汲み許されたジュンは、薬庫で診療日誌を読み独学を始めるが、それは禁じられたことだとイェジンに言われる。同じ頃、薬材盗難事件が起きる。ジュンは薬庫にいたことで薬材を盗んだと疑われるが、イェジンの機転に助けられる。弟子の一人プサンポの仕業と悟ったジュンは、彼に言って薬材を戻させる。ウィテの不在中に怪我をした芸人が担ぎ込まれるが、夫が貧しい者から金を取らないことを苦々しく思っていたオ氏夫人は、治療する息子ドジを制止し、怪我人を追い出すよう命じる。

帰宅したウィテは怪我人を治療してドジを呼ぶ。内医院の試験を控えるドジは、「お前は未熟だ」と言われるが、ドジは試験に受かって父を見返すと誓う。3日後に試験を控えて、ドジのお供にジュンが選ばれる。ジュンはイルソに身分札の手配を頼み、当日ようやく間に合って漢陽に発つ。ジュンはダヒの姿を一目見たいと秘かに願っていた。投宿した宿屋で相部屋となった両班を言い負かしたジュンを見て、ドジは彼が高い学問を修めたと知り試験勉強の手伝いを頼む。ドジが二次試験に臨む頃、ダヒの家を訪ねたジュンは、彼女は去ったことを知らされる。ドジは御医ヤン・イェスから優秀だと褒められるが、結果は落第。抗議するドジに内医院の医官がその理由を話して聞かせる。

かつて、父ウィテが"九鍼の戯"という鍼勝負でイェスを負かし、屈辱を味わわせたことを聞かされたドジは、彼が御医でいるうちは内医院に入れないと絶望する。その頃、ヤンテとダヒが山陰(サヌム)にやってくる。ヤンテがジュンを捜し回っていると知ったイルソは「もう山陰を発った」と嘘をつく。間もなく、肺炎を起こしてダヒが倒れてしまうが、ウィテの医院で診療を受けて快方に向かう。家に戻ったドジは父に喰ってかかるが、ウィテは「昔の自分のように名声を求める医員になってほしくない」と言い、ドジは「地方の医員で終わりたくない」と答える。一方、ドジの進言で薬草採りに昇格したジュンは、医院にダヒがいるとも知らず、危険な山に出かける。

夜になり虎に出くわしたジュンは逃げる途中で足を滑らせてしまう。仲間たちは、ジュンを一人で危険な場所に行かせて酒盛りをしていた。足を怪我したジュンはサムジョク大師に助けられるが、大風瘡の病人を見て怯え、一喝される。その頃、医院に来たジュンの母を見かけ声をかけたヤンテは、ダヒをジュンに会わせないようにと言われる。仲間に騙されたと知ったジュンは彼らを叩きのめし黙らせる。医院に戻ったジュンにイェジンは、ダヒが医院にいたがもうすぐ発つと教える。遂に再会した二人。身分違いの結婚は国禁だと反対する母も折れ、晴れて挙式する。一方、科挙に落ちて自暴自棄になったドジがイェジンにすがるのを見たオ氏夫人は、イェジンを見合いさせようと考える。

ドジはようやく医院の仕事に復帰。ジュンは傍らからウィテとドジの診察を見て、イェジンがくれた医書を片手に独学に励む。それでも家計は厳しいままだった。ダヒは「ユ医院で雑用を」と言うオ氏夫人に口答えし、ジュンの母から「身分は捨てたはず」と諭される。ドジはイェジンに結婚の意思を伝え「受け入れてくれるまで待つ」と告げる。空き家を修繕したジュンは家族を連れて引越し、新居でダヒに「立派な医者になり楽をさせる」と誓う。ある時、山で獣を切り裂く男を見つけ、あとをつけたジュンは動物の内蔵を取り出す理由を尋ねるが相手にされない。その後、患者の付き添いから袖の下を受け取ったと誤解されたジュンは、ドジから再び水汲みに戻るように言われてしまう。

山で会った男、アン・グァンイクは深い医術の知識をもった人物だった。ジュンは彼に医術を教えてほしいと頼み込むが追い返される。オ氏夫人はドジの縁談を進めようとして、息子からイェジンへの深い想いを訴えられ猛反対する。同じ頃、ジュンは弟子入り志願のため毎夜グァンイクのもとに通い、ようやく許されて彼の下で学び始める。ジュンはグァンイクから知識だけでなく鍼の心得も学ぶ。間もなく、ウィテに連れられ賤民の村に往診に出かけたジュンは、そこでウィテが患者の膿みを口で吸い取る姿を見て衝撃を受け、真の心医とは何かを悟るのだった。その頃、イェジンはオ氏夫人から「ドジの邪魔をしないよう嫁げ」と言われ、サムジョク大師の下での医療活動を決意する。

イェジンはジュンに医書を渡してユ医院を去った。ほどなく、グァンイクから「教えることはもうない」と言われたジュンは、人間の解剖をするのが一生の夢で、そのため内医院も辞めた彼への恩返しに遺体を調達しようとするが失敗。ジュンは彼の教えを胸に、日々学び続ける。そんなある晩、ジュンの家に首を吊って瀕死の状態の娘が担ぎ込まれる。ジュンの治療で息を吹き返した娘に両親は大喜び。謝礼も受け取らないジュンの謙虚さは評判となり、貧しい人々が彼に診てほしいと家に押し寄せる。病人を放ってはおけずやむなく診察したジュンだが、それがオ氏夫人の逆鱗に触れる。弟子たちに袋叩きにされたジュンが、さらにドジから責められているところにウィテが戻ってきて...。

ウィテに言われるままに処方箋を見せたジュンは思いがけず褒められ、薬種倉庫の管理を任されることに。ジュンの昇進が我慢できないプサンポは夜中、刃物を片手にウィテの部屋に忍び込み、ユ医院に伝わるという秘伝の医書を出せと脅す。ジュンがプサンポを取り押さえるが、ウィテは彼を放免。そして、ジュンに自分の期待に背くなと話す。そんな中、家計のやりくりに苦労するダヒは、ある日両班の奥方から絹の服を盗んだと疑われ「自分の服を売った」という訴えも虚しく、簀巻きにされ打たれる。妻が辱められる場を見たジュンは不甲斐ない自分を責め、医院を辞めると言い出す。その矢先、元高官のソン大監の息子に往診を頼まれたウィテは、自分の代わりにとジュンを差し向ける。

ウィテではなくジュンが来たことが不満なソン大監。ジュンは「私も医者だ」と言って、中風で寝たきりの彼の妻を診察し、鍼治療を施そうとする。ソン大監は「信用できない」と反対するが、夫人の病状が悪化。治療を任されたジュンは付き添ってきたイェジンに励まされ、「心の目で見ろ」というウィテの言葉を思い出しながら鍼を打っていく。気力が落ちる一方の夫人の様子を見て、ソン大監は「薬を飲ませたい」と懇願するジュンを幽閉。ヤンテと共にジュンの様子を見に来たダヒは、彼が捕えられたと聞いて気を揉む。間もなく、ジュンが逃げたと大騒ぎになる中、彼は水を汲んで戻って来る。大監も彼の熱意に負け投薬を許す。そして、誠心誠意の治療が実り、夫人は起き上がり...。

自分の足で歩く夫人の姿を見たソン大監は大いに喜んで、褒美を渡そうとするがジュンは固辞する。ジュンの今後の望みが内医院を受験することと聞いた大監は、科挙を受ける際に有利になるようにと推薦状を書いて渡す。ジュンの家では夫人から褒美の品が運び込まれていた。ダヒは推薦状をもらって喜ぶジュンに、推薦状を捨てるように言う。ジュンの母から褒美の品を分けてもらったイルソの妻が、ユ医院で「ジュンの家には宝がいっぱい」と話したのがオ氏夫人の耳に入る。ウィテはジュンに推薦状を出させ、目の前で燃やした上で破門。同じ頃、家では激怒した夫人の差し金で母が褒美の品を奪われていた。ショックのあまり倒れた母を見て、ジュンはウィテへの怒りでいっぱいになる。

ソン大監を訪ねてもう一度推薦状をもらおうとするジュンだが、大監は明に発ったばかりだった。やけ酒を飲んで博打をして叩きのめされるジュン。ダヒはそんなジュンに胸を痛めながら、黙々と畑仕事や下働きをしていた。イェジンはジュンの家の窮状を見て、母の形見を処分した金で米を買ってジュンの家に届けさせる。それをドジが知ってしまう。イルソの妻、ハマンが待望の子供を授かり、男児を産む方法を教える評判の医者を訪ねると、それはユ医院を出奔したプサンポだった。ジュンの破門を聞いたプサンポは「自分と一緒に稼ごう」と誘う。一度は断わるが、妻や母の苦労を目にして考えを変える。彼に連れられ、妊娠中の地主の嫁を診察したジュンはお腹の子は男児と診断するのだが...。

詐欺を働いていたプサンポと共に捕縛されてしまったジュン。棒叩きの罰を受け釈放されると家にひと月こもった後、ようやく破門された理由を悟り、ウィテに許しを請うが受け入れられない。そんなジュンにイェジンは、サムジョク大師の下で大風瘡患者を診るよう勧める。悩んだ末にジュンは大師のいる寺を目指して旅立つことを決める。ダヒの後押しを受けて寺にやって来たジュンは、一心不乱に太鼓を叩く患者の少年を目にする。寺には恩師グァンイクも寄宿していた。最初は面食らうジュンだったが、やがて患者の世話にも慣れていく。ある夜、太鼓の少年がサムジョク大師を殺そうとして未遂に終わる。グァンイクはジュンに、大師と少年にまつわる驚くべき過去を話し始めた。

内医院の優秀な医官だった大師は同期のグァンイクの妹と結婚し、息子サンファを授かり順風満帆の人生を歩んでいた。だが、ある日息子が大風瘡患者に殺されたと誤解して逆上し患者一家を撲殺。罪を悔いた大師は一家の息子をサンファと呼んで育て、彼の病を治療してきた。ジュンは、親を殺した大師へのサンファの憎しみを知るのだった。ユ医院を出たイェジンも寺にやって来る。同じ頃、寺から逃げたサンファたちが村人から虐待されているのを見て、ジュンは彼らをかばって連れ帰る。翌朝、薬を試して昏睡状態に陥った大師の手紙でその心を知り、サンファは回復した大師に涙を流して詫びる。そこをドジが訪ね、イェジンがジュンのために寺に来たと悟り「おまえを忘れる」と言い切る。

大師の下で学んだジュンは内医院を受けるよう勧められる。ドジも父ウィテの指導で研鑽を積んでいた。科挙まであと10日という時になり、家に戻ったジュンは試験を受けると妻に告げる。そんな夫にダヒは今まで貯めた金を渡して送り出す。途中の宿屋でドジと同宿となったジュンは、歯痛で悩んでいるという下働きのドルセに治療を施してやる。そんな中、ドジの医書の盗難騒動が起き、一段落すると今度は病人を診てほしいという村人が宿を訪れる。科挙があるからと皆が無視する中で、ジュンは往診に出かけていく。ジュンは「金より命が大事」と貧しい病人を診て薬を処方し感謝される。朝になり、科挙のために漢陽に発とうとしたところ、話を聞いた村人たちが診察を求めて押し寄せジュンを悩ませる。

次々に訪れる村人たちを見て、月が出るまでという約束で診察したジュンは、ようやく解放され出発。漢陽に着いたドジはその頃、内医院の医官を接待し金塊を渡していた。ドルセは近道を教えると言ってジュンを自分の家に連れて行き、病気の母を診てほしいと懇願する。もう一刻の猶予もないと振り払うジュンだが、病人の容態のひどさに驚き、留まり治療を施す。ジュンの必死の治療でドルセの母は持ち直す。ジュンに感激したドルセは馬を調達してくると言って出かけるが、間もなく役人が来て、馬泥棒の容疑でジュンも捕まってしまう。駆けつけた村人たちの嘆願で容疑が晴れたジュンは、県監からねぎらわれ馬を用意してもらう。必死で馬を飛ばすジュンだったが科挙には間に合わない。一方、ドジは合格する。

落胆したジュンはなかなか家に戻らず母や妻の気を揉ませる。ドジは科挙合格者として意気揚々と戻ってくる。母はもちろん、厳しい父からも祝われて嬉しいドジだが、イェジンへの未練がまだ断ち切れない。やがて、県監がドジを祝いにやって来る。そこにジュンの医療行為を讃える内容の書状が届き、医院の雑用をしていたダヒはそれを知り感涙する。ドジが病人を診ずに科挙を受けに行ったと知り、ウィテは彼を叱責。父の心がわからないドジは内医院に入るため母と共に家を出ていく。家に帰ってきたジュンのもとには評判を聞きつけた病人がつめかけるが「師匠がいる山陰（サヌム）では患者は診ない」と追い返す。だが、危篤の県監を診るよう強要され、仕方なく出向くとウィテがいて...。

ウィテに診察を任されたジュンは県監の命を救い、その足でユ医院を訪ねる。するとウィテは「今から患者を診ろ」と言う。師匠に許され、二度と期待を裏切らないと誓ったジュンはさらに医院の仕事に励む。ジュンが戻りますます患者が増えるのを見て、母や妻も彼を助けようと医院で働く。その頃、漢陽ではドジの内医院での研修の日々が始まる。献身的に治療にあたるジュンを助ける妻ダヒ。二人の仲睦まじい様子をイェジンが見つめていた。ウィテはジュンに医院を任せてサムジョク大師と旅に出る。内医院では、王に寵愛される恭嬪(コンビン)の幼い王子が発病し、一人残っていたドジが治療にあたる。同じ頃、ジュンのもとには以前治療したドルセが「母が失明した」と押しかけていた。

王子の治療を成功させ「必ず御医になる」と心に誓うドジに、有力者の娘との縁談が舞い込む。ユ医院では、失明はドルセのせいだとわかるが、彼は納得せず「母の治療に専念しろ」と他の病人を追い返す始末。必死で治療するジュンに、戻ってきたウィテは矛盾した指示を出す。それは、師の名に縛られていてはいけないという思いからだった。悩んだ末にジュンはウィテに反した治療を施して、見事にドルセの母の目を治す。間もなく、イェジンは血を吐いて倒れているウィテを発見。彼は末期の胃がんだった。自分の死期を悟ったウィテはイェジンに「ジュンには話すな」と口止めし、ジュンにドジの部屋を与える。その後、イェジンが調合している薬を見たジュンは不審に思う。

ジュンはウィテに連れられ、末期がんの患者を看取る。「世の中には医者が治せない病は多い」と言うウィテ。その頃、医院には疫病患者が運び込まれる。発生源となった村は封鎖され、人の行き来ができなくなるが、ウィテはサムジョク大師と共に治療に出向く。後からそれを知ったジュンも駆けつけるが、ウィテに帰れと言われてしまう。仕方なく村を後にするジュンは、途中患者を見つけて結局村に戻って治療にあたる。倒れそうになりながら病人を診るウィテに、大師はジュンに病気のことを知らせるべきだと言うが、ウィテは「自分が死ねばわかる」と取り合わない。やがて、3人の奮闘でようやく疫病も終息。内医院ではドジが東宮に配属となり、出世の道を歩み始めていた。

ジュンはウィテが胃がんだと知るが「必ず治療法を見つける」と誓う。イェジンは自分亡き後を心配するウィテから、「ドジのところに行け」と勧められ、考えた末にジュンが薬草採りに行っている間に、置き手紙をして医院をあとにする。ジュンは薬効のある山参を見つけて喜ぶが、仲間のヨンダルが持ち去った後、別の者に奪われたことを知る。その頃、漢陽に着いたイェジンは退勤するドジを待つが会えない。イェジンの上京を知ったオ氏夫人はドジと会わせないように画策。拉致されそうになったイェジンは捕盗庁の役人イ・ジョンミョンに助けられる。ユ医院ではサンファが寺からやってきて医院を手伝うように。イェジンは教えられてドジの家を訪ねるが、そこに花嫁を連れたドジが戻ってくる。

ドジはジョンミョンからイェジンの話を聞かされ、執事を問いつめる。いよいよ死期が近づくウィテ。ジュンと大師、グァンイクはサンファの案内でウィテがいる洞窟にやってきて彼の死を知る。「自分の体を医学に役立てろ」という遺志を汲んで、涙ながらにウィテを解剖した後、ジュンは埋葬を終え「師に恥じない医者になる」と墓前で誓うのだった。疲労困憊して家に戻ったジュンは、漢陽へ向かう。ドジはイェジンを捜させていたが見つかる気配はなかった。ジュンはドジに会い、ウィテの死と解剖したことを伝える。父が遺体をジュンに任せたことにショックを受けたドジは、彼が渡した臓器の絵を突き返す。後日、ユ医院を継いだジュン。そこにオ氏夫人が現れて「医院は処分する」と告げる。

もぬけの殻になったユ医院に新しい医者チャン・マンスがやってくる。マンスは貧しい病人を診ようとせず、追い返された病人はジュンを頼り、見かねた彼は医院を開業し患者を診る。それを知ったマンスは怒鳴り込むが、逆にジュンに非難され、返す言葉もなかった。その頃、内医院ではドジが恭嬪に出す薬の処方を誤り、湯薬房へ左遷されていた。マンスは反省し「貧しい者からは金を取らない」と約束。そこに来月、内医院の科挙が行われるという報せが入り、ジュンはオグンと共に受験することに。ジュンが内医院を目指すと知って内心穏やかでないドジ。一次試験が始まり、5つの難題をいち早く解いたジュンは医官たちを驚かせる。そして、ドジが見つめる中、二次試験の口頭試問が始まった。

二次試験ですらすらと問いに答えたジュンは見事に首席合格。それを知った母と妻ダヒは涙を流して喜ぶ。ジュンと比較されることを心配したドジは妻の実家を訪ねて、人事に顔が利く義父に頼み事をする。間もなく、ドジは思惑通りに湯薬房から東宮に戻り、再び恭嬪の王子の侍医を務めることになった。同じ頃、ジュンは一家で漢陽へ引っ越してくる。ジュンが内医院には入ったものの、生活が苦しいことには変わりなく、ダヒと母は仕事を探しに出かける。一方、イルソは妻子とユ医院で働いていたチョレやミグムと共にジュンたちを追って漢陽にやってくる。ジュンの初出勤の日、妊娠していたダヒは無理がたたって倒れ流産してしまう。初日から遅刻したジュンは、罰として宿直を言い渡される。

流産したダヒが心配だが家に戻れないジュンに代わって、同期のミョンウォンとハクトが往診してくれる。完璧な仕事ぶりを見せ御医イェスをも感心させるジュンを見ても、ドジは「自分には勝てない」と動じない。その頃、イェジンはジョンミョンの心配をよそに医女になる。だが、研修も受けずにいきなり医女になった彼女を同僚は面白く思わず、つらい思いをする。内医院の種薬署員となったオグンが、従七品の直長に昇進したドジの指示で古い薬材を恵民署へ届けると、担当医員のキム・マンギョンは「使えない」と抗議。マンギョンに感銘を受けたジュンは恵民署を訪れ、貧しい病人たちの診察にあたる。患者の膿みを口で吸うジュンの姿を見たマンギョンは「民の苦痛が見えると出世の道は遠のく」と話す。

使用人と密通した両班の妻を同僚と共に役人に引き渡したイェジンは、罪人の連行も医女の仕事だと知らされる。ある日、高官の家に薬を持っていくよう言われたジュンは、診察だけして薬を渡さずに帰ってきて咎められる。「貴重な薬を私的なことに使えない」と言うジュンに呆れる上司たち。一方、イェジンは両班の妻が妊娠しているのではと思う。両班の妻を診察するため捕盗庁へ赴いたジュンは、そこでイェジンと思わぬ再会をする。診察の結果、妊娠が判明し刑の執行が延期されることになった。後日、オグンの機転でイェジンと会ったジュンは再会を喜び、ウィテを助けられなかったことを謝る。間もなく、ジュンの配属先を巡って上司たちが対立する中、それぞれの配属先が発表される。

出世から一番遠いとされる恵民署へ配属となるジュン。同期のハクトがイェスに不当だと抗議し、上司のキム判官とソン主簿が高官に薬を融通した件が明るみになり、二人は恵民署へと転属になるがジュンの配属先は変わらない。イルソとヤンテはオグンの助けで薬種商を始める。ドジは母からイェジンが医女になったことを知らされていた。薬材の当帰を盗んだ容疑で連行されたイェジンと同僚のチェソン。ジュンはイルソやヤンテの助けを借りて調査した結果、医員が美肌に効く当帰を妓生に貢いでいたことを突き止める。ジュンに詰め寄られ、自分が持ち出したことを医員が告白しイェジンたちは釈放される。恵民署を訪ねたドジはイェジンに詫びるが、イェジンは「今が楽だ」と言う。

つらい恵民署を辞めさせたいと、イェジンを他部署に転属させようとするドジ。しかし、イェジンは「自分が望んだこと」と彼の配慮を断わる。ドジは「ジュンのためか!?」と詰問する。ジュンは下吏たちが金を受け取って患者を選別していることを知り憤る。そして、院外診察は違法と知りつつ家で患者を診たことが知れ、扁額千回復唱の罰を受けてしまう。宮中の中門と政庁を往復しながらの扁額復唱は苛酷なもので、300回くらいが限度、千回もやれば死んでしまうと誰もが心配。マンギョンはイェスにキム判官やソン主簿の怠慢を糾弾し、院内だけでは病人を診察し切れない現状を訴えるが聞き入れられない。夜になり、歩く力を失ったジュンは這いながらも、ウィテの言葉を思い出し、遂に千回の罰を終える。

倒れたジュンを見て、イェスは「今後は院外診療を許可し、医員を増やす」と宣言。ジュンの看病を任されたイェジンは合間に彼の家を訪ね、ジュンが当分帰れないと伝える。その帰り、オ氏夫人に行き会って「ドジを惑わせるな」と言われてしまう。その頃、恭嬪が産気づき、逆子であることが判明。慌てたイェスは内医女ホンチュンを呼べと言うが...。宮中の産室庁の優秀な医女だったホンチュンは、医官の過失の罪をかぶり恵民署に左遷されたのだった。協力を拒むホンチュンだが、御医女トックムに説得され無事に出産させる方法をドジに伝授。健康な男児が生まれ、ドジはほっとする。恵民署では下吏が伝染病に感染。その男はジュンの院外診療を告発した人物だったが、ジュンは懸命に治療する。

ジュンの治療で回復した下吏は涙を流して感謝し「真面目に生きる」と誓う。その頃、イルソとヤンテは薬材横領で捕まる。連行された先の役人はジュンの異母兄ソクで、彼の配下にはジャンセとヨンダルがいた。金次第と聞いたヤンテは闇取引をしようと言い出す。一方、ある夜イェジンは宴席にかり出され、酌をするのを拒んで酒を浴びせられる。酒席で侮辱されたのをかばってくれたジョンミョンから愛の告白を受けたイェジン。だが、その気持ちに応えられない。同じ頃、湯薬房で下吏の首吊り自殺死体が見つかる。事件のことで当直医だったジュンと典医監の役人ソクは再会。ソクは自分の母がジュン親子のせいで無念のまま亡くなったと言い、じわじわ痛めつけると言い放つのだった。

自殺した下吏の遺体を検死したジュンは、首の紐の痕が薄いことに不審を抱く。ドジは舅からソクを紹介され、後日ソクの口からジュンとの縁を聞かされる。恵民署では優秀な医女を2人、宮中勤務の内医女にすることになり、イェジンとソヒョンが推薦されるが、選ばれたのはセヒとチェソンだった。その頃、マンギョンの友人のク校理が突然倒れる。苦しむク校理にドジが鍼治療を施そうとするが絶命。持病の悪化の結果と診断が下るが、ク校理に薬を運んでいたのが自殺した下吏だったとわかり、さらに彼の遺品から朝鮮では手に入りにくい毒性の高いハンミョウが発見される。派閥争いが裏に絡んでいると睨んだジョンミョンは、ジュンにハンミョウの入手経路を秘密裏に調べてほしいと依頼する。

偶然ダヒが両班だと知ったドジの母オ氏は告発しようと言うが、ドジは放っておいても先は見えていると言う。ジュンはオグンからヤンテたちと計画した密貿易が失敗に終わった話を聞き、ハンミョウの入手経路を知るために再び密貿易をすると言い出す。一方、ジョンミョンは後ろ盾になるという重臣チョン・ソンピルの申し出を拒否していた。ジュンが密貿易商人を問いただし、ハンミョウの入手経路が判明。ジョンミョンはク校理と下吏を殺した犯人を捕える。だが、黒幕であるチョン・ソンピルに手出しはできない。間もなく、自分への想いが綴られたジョンミョンの手紙を受け取ったイェジンは約束の場所に赴くが、彼は来ない。その頃、ジョンミョンは謀反の疑いで獄にいた。

チョン・ソンピルの差し金で謀反の罪に問われたジョンミョン。ソクは彼とジュンが親しいと知って、これを機にジュンを窮地に追い込もうと考え、ドジに協力させようとするが、イェジンに危害が及ぶことを恐れたドジは、仮にも兄弟だからソクにとっても良くないと止める。数日後、イェジンは罪人に処刑のための毒薬を運ぶ役目を言いつかる。刑場でジョンミョンを見てショックを受けるイェジン。ジョンミョンは「天に誓って恥ずべきことはしていない」と言い、薬を飲んで息絶える。宮廷には新しい都提調として、かつてジュンが夫人の病気を治したソン大監が赴任。ドジは内医女セヒに迫られていた。そんな頃、恭嬪の兄が顔面麻痺になり、診察したドジは7日で完治させると言う。

ドジと同じようにジュンも恵民署で顔面麻痺の患者を診ていた。ソン大監はジュンが患者を3日で治すと言ったのを耳にする。その患者はジュンの指示を守らず治りが遅くなったものの、指示通りにして回復。一方、ドジは恭嬪の兄を3日で治し、王の前で褒められるが、直後に再発してしまう。ソン大監はドジが「7日で治す」と言ったことを知る。ソン大監は恭嬪の兄の治療をジュンに任せ、回復見込みの日数を偽ったとドジを叱責。イェスはジュンの治療法をけなすが、ジュンは師匠の医術をけなさないでほしいと言う。オ氏夫人は恭嬪の兄の一件を知って、仕事を求めて来たダヒを追い返す。その頃、セヒはドジを誘惑しようと酒を飲ませる。翌朝目覚めたドジは隣にセヒがいるのを見て...。

宮中ではジュンがイェスの治療法を受け入れず、反旗を翻したと評判になる。わがままな恭嬪の兄は薬を飲むのを拒んで、囲碁に興じていた。そして、薬を飲ませようとするジュンに怒って硯を投げつける。続いて、夜中に起こして投薬しようとしたと、さらに激怒。今度は碁盤を投げつけられたジュンは足を負傷するが、それでも薬を運び続ける。ジュンは処方箋を見たドジから問いつめられ、恭嬪の兄が初期の胃がんだと話す。驚いたドジは自分やイェスが見逃したと知られると困ると、病気のことを黙っていてほしいと頼むが、ジュンは医者の良心が許さないと断わる。イェスからも同じように言われても断固として拒否する。恭嬪の兄が治療のつらさに暴れていると、そこに王が現れる。

王に尋ねられ、兄は胃がんでイェスの指示を受けて治療していると答えるジュン。さらに、いつまでに治せるかを聞かれ、指示に従うなら5日で治すと返答。王はそれを聞いて「宮中に戯れ言なし」と言う。それは失敗すれば手首を切り落とされることを意味していた。それを知ったソクはジュンの失敗を願ってほくそ笑み、ソン大監は心配する。妻が出産したドジの家では、オ氏夫人がジュンの窮地を知って喜んでいた。ジュンの母とダヒは祈るしかない。約束の期日まであと1日となり、恵民署の人々も気が気ではなくなる。間もなく、恭嬪の兄が大量に吐血して、ジュンは恭嬪から責められるが、ひとまず刻限までということになる。残りあと2刻(1時間)となるが麻痺は治らない。

約束の刻限が近づいて連行されるジュン。イェジンらが刑の撤回を頼み込むが、イェスは取り合わない。さらに「胃がんが治るわけがない」と言う。それに対してジュンはウィテを解剖した事実を話し、治る見込みがあると訴える。それでも刑が執行されようとした瞬間、兄が回復したとの報告が入り、一転ジュンは王から褒賞を受けることに。喜びに湧くジュン一家。恭嬪から呼ばれ、母とダヒを連れて宮殿に参ったジュンは屋敷を賜る。さらに、王からは王子の侍医になってほしいと言われるが、ジュンは固辞し、病気の時だけ診察するということになる。イェスはジュンを呼び、「ウィテは国一番の名医だ」と潔く認める。喜びを噛みしめるジュンに対し、ドジは敗北感を募らせる。

ソン大監はジュンたち医官の前で「心を込めて治療すれば、自ずと道は開かれる」と言う。その言葉を自分への当てつけと感じたドジは、慰めるセヒに「あの晩のことは酔った上の過ち。顔も見たくない」と言い放つ。その頃、恵民署ではソヒョンが鍼で患者を救ったものの、医女の刺鍼が問題になり、イェジンが恭嬪に訴えて事なきを得る。ドジとセヒの仲は噂になり、イェスの耳にも入る。新しい品階の発表日。ジュンは昇進し、ドジは苦行とされる明の随行医員を命じられる。抗議するドジにイェスは「クビにならないだけまし」と一喝。ソクはセヒを拉致し「噂はでっちあげと言え」と脅すが、セヒはイェスの前で「情を通じた」と言う。何も知らないドジの母は喜んでいた。

嫁から、明へ行くのは左遷だと知らされ嘆く母に、ドジは「このままでは終わらない」と誓う。やがて、月日が過ぎてジュンには男児が誕生し、ギョムと名付けられる。それは昔、父が「ジュンに子供が生まれたら」と考えた名だった。師匠の命日、ドジの家を訪ねたジュンはオ氏夫人から追い返されるが、夫人が重病と知って再び訪問する。頑としてジュンの診察を拒んでいたオ氏夫人。気を失った間に脈をとったジュンは3〜4日が峠と告げる。ドジの妻は助けてほしいと懇願。だが、オ氏夫人がジュンの治療を嫌がることから、ホンチュンが診察を引き受け看護を始める。その頃、明からの使臣団が宮廷を訪れる日が決まり、恵民署の医女たちが使臣をもてなすことになる。

夜中に起きたオ氏夫人は、ジュンが薬を調合しているのを見て激怒。「おまえに診せるくらいなら死ぬ」と言うが「師匠のために治療させてほしい」と訴えるジュンに折れる。間もなく回復した夫人は謝礼のためにジュンの家を訪ねる。宮廷では使臣の相手にイェジンとソヒョンが選ばれる。それに抗議するジュンだが、なすすべはない。2人が選ばれたのは内医女ソビの計略だというホンチュンの訴えも虚しく、使臣をもてなす日が近づき、避けられないと悟ったイェジンは自殺を図る。一命は取り留めたものの、ジュンに宛てた手紙を発見され、彼に危害が及ぶと脅されて、泣く泣く受け入れる。その夜、使臣のいる館に赴いた2人は飲み物に薬を入れようとする。

突然、使臣の1人が腹痛を訴えて苦しみ出したのを見て、2人は「自分たちは医女だ」と話し、持っていた薬を飲ませる。使臣の容態が落ち着き、2人は何事もなく帰された。ジュンはある日、猟に出る王に随行し、落馬した王を診る。その様子を見た従事官チョンスがジュンに声をかける。彼は龍川でジュンを捕まえた役人だった。マンギョンと旧知の間柄だったチョンス。2人の酒の席に同席させられたジュンが帰った後で、チョンスはジュンが何者かを思い出す。そして、後日マンギョンに「密貿易をした上に両班と結婚した罪で極刑は免れない」と話して聞かせる。ジュンは家族に、自分の過去を知る人物が現れたことを話し、罪を償うしかないと覚悟する。

ジュンはマンギョンにすべてを告白。マンギョンはチョンスに目をつぶってほしいと頼み込むが拒否される。チョンスはジュンを捕えるため恵民署に向かう。しかし、ジュンはちょうど疫病が発生した黄海道に派遣されたところだった。疫病に倒れる人を見て、治療法を究明しようと懸命になるジュン。そこにチョンス、そしてソクもやって来る。ジュンはチョンスに自首すると話した上で、疫病の治療法を見つけるまで待ってほしいと頼む。チョンスはその頼みを聞いてやり、ジュンは治療に専念する。その頃、ヤンテはドジの母から使用人のユウォルとの結婚を許されて喜ぶ。都では混乱を避けるため疫病のことは伏せられていたが、偶然知ったイルソは商機到来と喜び噂を流そうと考える。

ジュンは派遣先の獄中に、かつて母の治療をしてやったドルセがいるのを見て、彼の進言で病気の罪人を診察し、さらに刑の軽いドルセたちを牢から出して手伝わせる。同じ頃、明から戻ったドジは、母がジュンの治療で一命を取り留めたことを知らされる。一方、イルソは疫病の噂を流してお札を売ったかどで捕まり、棒叩きの刑を受けていた。いったんは収まったかに見えた疫病は再び勢いを増す。医女のチェソンも発病し、あっけなく息を引き取ってしまう。ドルセに言われ、ジュンは患者に梅の汁を飲ませるよう指示。ほどなく疫病は終息し、ジュンはソン大監らからねぎらわれる。都に戻ったジュンに、ドジは母の治療の礼を言い「医術では負けない。必ず出世する」と話すのだった。

明で重臣のムン大監に気に入られたドジは、大監から王の側室・仁嬪の兄キム・ゴンリャンを紹介される。ゴンリャンから仁嬪が懐妊できるよう手助けをと言われ、これが最後のチャンスと誠意を込めて生薬を煎じる。王から褒賞として医官としては初めて虎皮を下賜され、昇進もしたジュンだが、今のままではいられないことをわかっていた。チョンスに会ったジュンは「医者としてやるべきことがある。別のことで罪を償いたい」と訴えるが、彼の過去の話は内医院でも知られ大騒ぎとなる。結局ジュンは捕えられ、ダヒも連行されてしまう。ソクはそれを知って大喜び。恵民署ではジュンの過去を知ってみんなが驚いていた。イェジンはショックで倒れたジュンの母の看護にあたる。

ジュンが捕まったと知った恭嬪は王に彼の赦免を嘆願する。内医院では「重罪を下せ」というチョン・ソンピルらと、「才能が惜しい」というソン大監らが意見を闘わせていた。そこに「功労を認め赦免する」との王命が下る。だが、重臣たちの抗議で王命は取り下げられてしまう。やがて審問が始まり、ジュンは両班の娘との結婚を責められる。ジュンへの真摯な愛を訴えるダヒ。しかし、許されるはずはなく2人は獄舎に戻される。同じ頃、恭嬪が胸の痛みを訴えて意識不明に。イェスも匙を投げ、王の命令でジュンが呼ばれる。ジュンの刺鍼と灸により容態は一時的に安定するが、まだ油断はできないことから、王は治療をジュンに任せる。それを知ったドジは内心穏やかではない。

獄中のダヒは、ジュンが恭嬪の治療をしていると聞いて希望を抱く。ジュンの懸命の治療でようやく恭嬪の意識が戻り回復したのを見て、王は深く感謝するが、ジュンはまた牢につながれてしまう。恭嬪の嘆願に意を決した王は重臣たちにジュンの赦免を告げ「抗議する者は罪に問う」と宣言。ジュンとダヒは許され、晴れて牢から出される。ジュンが今度こそ赦免されたと知って、母はようやく安心し喜ぶ。その頃、仁嬪が懐妊し、ドジは千載一遇の好機とほくそ笑む。仕事に復帰したジュンは恭嬪の侍医に任命され、恵民署をあとにする。恭嬪に挨拶したジュンは「心が暗いと体にもよくない」と心配。恭嬪は王の関心が仁嬪に移ったことから、暗い気持ちを抱えていたのだった。

仁嬪に男児をと言われるドジ。恭嬪には2人の王子がいるが、王妃に子供がいないため、仁嬪が男児を産めばその子が王になる可能性もあることから仁嬪も必死だった。同じ頃、ホンチュンはオグンから求婚され、2人は周囲に祝福されて結婚する。一方、内医院では仁嬪が優遇され、恭嬪には質の悪い薬しか回って来ず、医女たちがもめていた。恭嬪が仁嬪から門前払いにあったと聞いて、恭嬪の兄は怒り心頭。その後、妓房でジュンと一緒の恭嬪の兄は、ドジを連れた仁嬪の兄ゴンリャンと鉢合わせし言い争いになる。恭嬪を心配するジュンに、母は「時が解決してくれる」と助言する。その頃、ソクは使い込みが発覚しそうになり、ドジを頼るが相手にされず、渋々ジュンの家を訪ねるが...。

再び恭嬪が倒れ、薬草を求めて地方に行くことにしたジュンは、出立前にチョンスを訪ねてソクのことを善処してほしいと頼む。留守中、恭嬪を診るチョン奉事はドジに相談するが、ドジは的確な指示を出さない。間もなく、恭嬪は危篤となり、チョン奉事が鍼を打とうとしているところにジュンが戻ってくる。そして、治療の指示をドジがしたと知る。ジュンの治療で安定を取り戻した恭嬪。同じ頃、仁嬪の命令で恭嬪を呪うため、履物や衣服が巫女のもとに持ち込まれたと知ったホンチュンは巫女を問いただす。話を聞いた恭嬪は仁嬪を訪ね「今回は不問に付すが、次に同じことがあれば一族を根絶やしにする」と宣言。一方、ドジの母は都を去ることにし、ジュンにこれまでのことを詫びるのだった。

恭嬪はジュンに王子の支えになってほしいと頼み、最期の時に備える。ジュンのおかげで追及を免れたと知ったソクは、家を訪ねて和解を申し出、幼い甥のギョムを優しく抱き寄せる。そこに恭嬪危篤の報せが入り、治療のかいなく息を引き取るのだった。ジュンは、薬草や風土病の研究をしたいと内医院に休みを願い出、師の墓に参り心を新たにする。時が流れ1591年となり、医学の研究に励むジュンは恭嬪の第2王子・光海君に呼ばれ、母の命日にも関わらず、仁嬪の息子・信城君を溺愛する父を恨めしく思う胸中を聞かされる。ジュンの息子・ギョムは、両班でないため望む科の受験はできないと知りつつ勉学に励んでいた。そんなある日、信城君の腫れ物が治らず、侍医として追及されたドジは...。

ジュンはドジから信城君の治療を任され、ドジの診断に反して、症状が重いと判断。ジュンは王・宣祖からも期待を寄せられ、皮膚病に関する医書をひも解く。同じ頃、ジュンの家で下働きをするドルセが、村人たちを相手に秘かに診療行為をしていることを知らされたヤンテやイルソは、ジュンに知られる前にやめさせようと、彼を捕まえにいく。「腫れ物の治療をしていただけ」と主張するドルセから秘策を聞いたジュンは、田畑でヒルを集めさせる。そして、信城君の背中の腫れ物をヒルに吸い出させていると、仁嬪がそれを見て真っ青になる。王もすぐにやめるよう命令するが、ジュンは聞かない。そして「今、治療しないと手遅れになる。昔の王・中宗も同じ方法で治った」と説得する。

ジュンの治療で信城君が快方に向かい、王はジュンを正三品の堂上官に昇格させ御医に任命するよう命じる。昇格により両班になることから、重臣たちは反対するが王は突っぱねる。それを知ったドジは敗北感を味わうのだった。ジュンの家族は知らせを聞いて感涙にむせぶ。その頃、光海君は倭軍の朝鮮侵攻の気配を心配し、王に進言するが、聞く耳を持たれない。宮中は、光海君と信城君どちらが次の王となる世子の座に就くか、2つの勢力に分かれ始めていた。ジュンは中立を保つよう領議政のソン大監から言われる。やがて、倭軍侵攻を受け釜山が陥落。それを受けて、世子擁立が急がれる中、幼い信城君に危険が及ぶことを心配する兄ゴンリャンの助言を受けた仁嬪は、王に「世子には光海君を」と推薦する。

戦火は拡大し、王の避難が決まり、内医院の面々も3班に分かれて王族に随行することになる。ジュンは診療簿や医書を置いてはいけないと言うが、人命のほうが大事と言われてしまう。間もなく、恵民署から出火したと聞いてかけつけたジュンは、必死で医書を運び出す。家族はジュンの帰宅を待っていた。しかし、戻らない父にギョムは失望する。ジュンが家に戻ると家族は避難した後だった。「いつか再会できる」というダヒの手紙の言葉を胸に、ジュンはイェジンやオグンたちと医書を手に王のあとを追って旅立つ。その頃、渡船場では民を押しのけて王一行が船に乗り込み、王や光海君が止めるのも聞かず「船を残しておいては倭軍に追いつかれてしまう」と、重臣が船を焼き払わせる。

渡船場にはジュンの家族たちがいた。川を渡れず途方に暮れた家族はひとまず空き家で夜を明かすが、イルソの妻は家を出ていった挙げ句、船を都合するという男に金を騙し取られる。ジュンたちは王が向かうと思われる平壌を目指す途中で倭軍に襲われた村を通りかかり、再び現れた敵兵に追われる中、囮となったサンファが撃たれてしまう。船上でサンファを待つジュンたちは、川原に現れたサンファがさらに銃撃されるのを目の前にしても、救うこともできず船を出すしかない。その頃、ヤンテの妻ユウォルは途中で男の子を無事出産。苦労の末になんとか王のいる平壌城に着いて、ジュンを訪ねる家族だが、応対したドジから「ここにはいない。逃げたのでは」と言われ呆然となる。

遂に平壌城に到着したジュン一行。ジュンが医書のために遅れたと知った王は心証を害する。ジュンは消息を聞いて、城下を捜してようやく家族と再会。だが、ギョムから「家族を顧みない」と責められてしまう。続く倭軍の進撃に、光海君は自分が平壌城を守ると言う。さらに北に向かう王はドジを連れて出発。残ったジュンは傷病兵の治療にあたる。義州(ウィジュ)を目指す王たちだが、具合の悪かった信城君がますます悪化し意識を失う。到着まで大丈夫と言ったドジはその場を取り繕う。そんなドジに王は「万一のことになったら許さない」と釘を刺す。その頃、平壌城では戦いに参加するギョムを見て、ダヒは「父への恨みを解くように」と言い聞かせる。義州では信城君が危篤となり...。

平壌城にはサンファが担ぎ込まれ、弾がかすっただけで命に別条なかったことがわかり、みんなは喜びに沸く。そんな中、ギョムが撃たれてかすり傷を追う。そこに信城君逝去の報が届き、ギョムは快く父を送り出す。義州に着いたジュンは衰弱した王・宣祖を治療。そして、投獄されたドジを気遣い、自分の代わりにドジに鍼治療を任せたいと言う。ドジの鍼で快方に向かった王は、ジュンに忠誠心を疑ったことを詫び、ジュンに免じてドジを許す。ドジはジュンの前でひざまずき、これまでの許しを請い、涙を流すのだった。間もなく、平壌城が落城するが、脱出した光海君が義州に到着し、状況は好転していると告げる。家族も龍川にいるとわかり安心したジュンは、王に医書の編纂を申し出る。

1602年となり、医書の編纂に励むジュンは、チョン大監から重病のソン大監を回復させないよう言われてはねつける。そこに、王が先の戦争中のジュンの功を讃えて正一品を与えると言い出し、重臣たちは大騒ぎになる。ジュンを潰そうと考えたチョン大監の意を汲んだ仁嬪の兄ゴンリャンは、ジュンとイェジンの仲が怪しいと進言し噂が広がる。王に呼ばれたイェジンは、ジュンに対する尊敬と自分の片想いを率直に語る。そして、内医院の医官となったサンファを呼んで、サムジョク寺に戻ることを告げ、医書の編纂をするジュンの補佐を頼んで王宮を後にするのだった。宮廷では王妃の死から2年経つことから継妃選びが始まり、内医院の医官は候補者とその家族の健康状態の調査にあたる。

自分の親友チャン・ヨンギの娘を王妃にしたいゴンリャンは、ドジを呼んで対立候補のキム・ジェナムの家の病歴をねつ造するよう強要。同じ頃、ギョムにも縁談がくるが、ギョムはイルソの娘オンニョンとの結婚を希望する。その後、キム・ジェナムの娘が王妃になり、ゴンリャンから詰め寄られたドジは「自分は一介の医官に過ぎない」と返答する。医書の研究のために明への渡航を申し出るジュン。ドジの口添えもあって許されたジュンは明に旅立つ。宮廷では懐妊した王妃が足の痛みを訴えていた。王妃の足には浮腫ができていたが、ドジは心配には及ばないと判断する。だが、浮腫が次第に膿んできて治らないのを見た重臣たちは、訪問中の明の使臣団が抱える医官に診察させようと言い出す。

ドジは王から「もう任せられない」と言われてしまい、王妃は明の医官の診察を受ける。その頃、長年ギョムに片想いしていたはずのオンニョンは、縁談相手の医者マンドクに心変わりし、イルソ夫婦を失望させていた。間もなく、明から戻ってきたジュンが王妃を診察。王妃が想像妊娠だと所見を述べたジュンに、重臣たちは不敬だと騒ぎ立てる。担当の医女ソヒョンも王妃の懐妊を否定し一件落着する。そして1606年、王妃は男児を出産。初の嫡男誕生に王は喜ぶが、光海君は世子としての立場が危うくなる。騒がしくなる宮廷に、ジュンは「自分たちは医官の仕事に専念するまで」と動じない。一方、結婚したオンニョンは夫マンドクの暴力や遊びに悩まされ、ギョムは県監へと出世していた。

ある日、ジュンは医書編纂の予算が打ち切りになったと知らされる。同じ頃、光海君が頭痛を訴えるが、ジュンは王妃の息子・永昌大君を診ることになり、それを知った光海君は寂しく思う。チョン大監に呼ばれたジュンは「予算はなんとかするから、大君を診ろ」と言われる。板挟みになったジュンは「御医を辞めたい」とドジたちにこぼす。光海君が倒れて重篤な状態に陥ったのを見て、チョン大監ら大君派は喜ぶ。ジュンは光海君派のチェ・ミョンゴルから、わざと治さないのかと疑われるが、光海君はジュンを信じる。雨水を集めさせ、ヒ素を使った投薬を開始するジュン。それを知った王は、「使い方次第では毒も薬になる」と主張するジュンに「今すぐ投薬をやめろ」と命じるが...。

ミョンゴルらがジュンが信用できないと言う一方で、ヒ素を使うのは光海君を害するためと考えたチョン大監はジュンを褒める。それに対して怒りをあらわにしたジュン。そこでチョン大監は、医女ソヒョンを拉致させ「親の命が大事なら、ヒ素の量を増やせ」と脅す。だが、ソヒョンは応じず、下吏に実行させる。その時、光海君の意識が戻る。新たに薬を飲むことなく、光海君は快方に向かう。ソヒョンの訴えで両親も無事に解放されるが、黒幕がチョン大監だという証拠はなかった。その頃、王・宣祖の病気で政務が滞り、宮廷は紛糾。王の診察をしたジュンは死期が近いと感じる。今のうちに永昌大君を時期王にと考えるチョン大監は、ジュンの制止を振り切って王のもとに乗り込む。

大君を王にと訴えるチョン大監とゴンリャンに、大君はまだ3歳という王は「次の王は光海君」との王命書を渡して倒れる。ジュンと医女セヒの口を封じればいいと、チョン大監は2人を呼び出して「王命書の存在を忘れろ。そうしなければ命はない」と脅す。だが、ジュンは屈せず、心配して説得するドジに「道をはずれてまで生きたくない」と言う。王が遂に臨終の時を迎え、王命書の存在が取り沙汰されるようになり、御医女ホンチュンはセヒに「下手に口にするな」と忠告。遺言がないため、光海君が即位できないと憂慮するソン大監に、ジュンは王命書の存在を告げる。ジュンは王逝去の責任を問われることが決まっていた。これまでのことを回想するジュンは、みんなに別れを告げ連行されていく。

斬首が叫ばれる中、ソン大監の提案で流罪と決まるジュン。王・光海君もそれしかないと同意する。流罪の王命に感謝するジュンは、家族やヤンテたちから涙で見送られ山奥の流刑地に到着。使用人として働く娘ウノクに「来る必要ない」と言うジュンだが、ウノクは自分が県監から監視のために送られてきたことを話す。その時、病人が家を訪れる。罪人だからと断わったジュンだが、患者の訴えに根負けして結局診察することに。亡き父が医者だったというウノクが、医学に興味を抱いていると知ったジュンは好きなだけ医書を読むよう勧める。その後、評判を聞いた村人が次々に家を訪れ、補卒にもかばわれてジュンは診察で忙しい日々を送る。都では光海君がジュンの家族を心配していた。

ある時、ジュンが留守中に来た役人が倒れ、鍼治療したウノクはその腕をジュンに認められる。内医院ではジュンの不在で医書編纂が進まず、ドジはジュンに作業を任せたいと考え、オグンやサンファたちが秘かに資料を運ぶ。喜んだジュンは作業に励み、医書は次第に完成に近づく。その頃、内憂を抱える光海君はジュンを呼び戻すと言い出す。ジュンがマンギョンらと通じていたことが明るみになり、重臣らの間で問題となる。そんな中、ジュンは遂に医書を完成させ「東医宝鑑」と名付ける。医書を読んだ王・光海君の命令で赦免されたジュンは、王に「余生は山陰(サヌム)で貧しい民のために尽くしたい」と申し出る。そして、ヤンテとオグン夫婦もジュンについていくことを決める。

かつてのユ医院を整備し、診療を始めたジュンのもとには多くの患者が訪れる。その頃、都では「東医宝鑑」の筆写本が出回り、間違った処方を受けた民が苦しみ恵民署に押し寄せていた。一時は医書の刊行が危ぶまれるが、筆写の際の誤記がもととわかり無事に刊行が決まる。山陰では凶作から餓死者が増え、遺体を見たジュンは疫病と判断する。ジュンは窮状をソン大監に訴え、それを受けて王は内医院の医官を山陰に派遣し、民には米を配るよう指示。不眠不休で疫病と格闘するジュンは自身の感染に気づくが、間もなく薬が不足し、自分の薬を患者に分け与える。やがて、疫病は終息。宴が開かれ、人々が喜びに包まれる中でジュンは患者に鍼を打ちながら静かに息を引き取るのだった。