海洋警察特攻隊を導入し、憎き黒蛇会のトップであるチェ・ヒゴンが乗っているとされる船舶を必死で追うジョンリュル。しかし、その船舶にヒゴンがいるという彼の予想が外れ、作戦は失敗に終わってしまう。失意の中、ジョンリュルは懲戒の危機にひんするが、海洋警察庁長の助けで未解決事件を取り扱う「捜査9課」という新設部署を任されることになる。早速ジョンリュルはメンバーを集め始めるが、そこには曲者ばかりが揃って…。

ジョンリュルは海洋警察特攻隊を導入し、憎き黒蛇会のチェ・ヒゴンが乗っているとされる船舶を必死で追っていたが、予想が外れて懲戒審査にかけられることに。庁長からジョンリュルに下された処分は、未解決事件の解決を担う「捜査9課」という新規部署を設立しろというものだった。一方、休暇中のソヌはナンパをするために海に遊びに行くと、そこで救助隊として活動するスユンと出会うが…。

密輸組織のボスであるドンチュルから密輸品を奪取した疑いで、海洋警察内で指名手配されてしまったソヌ。そのことをデソンから知らされたソヌはしばらく廃船に身を隠すが、捕まるわけにはいかないため、釜山の新川でポパイ（チョン・ドクス）と呼ばれる密航組織のボスに接触を試みることを思いつく。しかし、ソヌが組織の検挙を狙っていると考えたポパイはソヌを始末しようとする。

ソヌを助けるため負傷したウンチョルが病院から消え、それと同時にドクスも刑務所から脱走したという連絡を受けたジョンリュル。捜査9課は2人の捜索を始めるが、他部署に妨害されてしまう。そんな中、ドクスからソヌ宛に小包が届く。ドクスはウンチョルを助けたければドンチュルを連れて、ソヌ1人で指定の場所に来いと指令を出す。ソヌは約束通りドンチュルを連れて出て行くが…。

無事に退院したウンチョルは海外研修に行くことに。一方、ついカッとなってジョンリュルに捜査9課を抜けると言い放ったソヌだったが、スユンが持ってきた資料を見て事務所に残ることにする。そんな折、ソヌにドクスの元から逃げ出したドンチュルから電話がかかってくる。ソヌはスユンと一緒に彼を助け出し9課に連れて来るが、それを知ったハン局長は2課に引き渡せという命令を下す。

催眠術を使ってドンチュルからドクスの居場所を聞き出した捜査9課のメンバー。早速ドンチュルを連れてその場所の捜索を行うが、目を離した隙にドンチュルは殺害されてしまう。また、黒蛇会と関わる口座を調査するヨンガプは、その中の1つがスユンの父親の失踪と関連していると確信する。さらに、9課の捜査情報の外部流出が分かり、ジョンリュルは流出元の穴を塞ぐことが先決だと言うが…。

海洋警察の特攻隊長であった父親がいなくなった本当の理由を知ってしまったスユン。あまりのショックに塞ぎこんでしまったスユンを見守るよう言われたソヌは、スユンをスパーリングに誘い元気づける。自分は独りじゃないと励まされたスユンは、父親が関わったとされる横領事件の真相を突き止めることを決意する。一方、ジョンリュルはスユンの父親であるイ元隊長が失踪した当時を知る人物を訪ねて行く。

イ元隊長の失踪時、黒蛇会の資金洗浄を手伝ったとされるジュヨンを無事護送したソヌとスユンは、事務所に戻るとすぐ取り調べを始める。ジュヨンが徐々に供述をするようになると、ジョンリュルは彼の供述からイ元隊長を殺したのはチャンギルという男だと知る。ソヌはジュミンに撃たれ入院したドクスにスパイが誰か尋ねるが、ジュミンを連れてきたら教えてやると交換条件を出される。

内部スパイがソ課長だと分かった9課は、早速ソ課長の取り調べをするが苦戦する。しかし、ソヌがチャンギルのモンタージュを見せながら家族の身の保証を提案すると、ソ課長は供述を始める。さらにドクスと取引をしたソヌは、ある密航組織の検挙に乗り出す。一方、ジョンリュルは以前ヒゴンの下で働いていたテスに位置追跡のできる携帯を渡しながら、チャンギルをおびき寄せるおとりになってほしいと頼む。

テスをおとりとした作戦が成功し、チャンギルを逮捕した9課。ジョンリュルは少しでも情報を聞き出そうとするが、チャンギルは黙秘を続ける。しかし、たった一言「チェ・ヒゴンは実体のある人間だと思うか」と謎めいた言葉を発する。そんな中、ソヌはもう1人海洋警察の中にスパイがいることに気づく。それを聞いたジョンリュルはソヌを連れてある場所に向かい真実を話す。そして全てを知ったソヌは…。

ソヌとスユンはチャンギルの携帯から発信された唯一の電話番号があることを知る。早速その番号の持ち主を照会してみると、持ち主はイ元隊長であることがわかる。持ち主が自分の父親であることに動揺を隠せないスユンは、ソヌと共にジョンリュルに報告もなく登録されている住所に向かうと、そこはGMLコリアという会社だった。一方、ジョンリュルはチャンギルを利用しヒゴンに近づこうとする。

遺体となって発見されたチャンギル。9課はすぐさまチャンギルを殺した犯人を追うが、取り逃がしてしまう。そんな折、護送していた車からチャンギルが脱走した上、殺されたという失態の責任をとらされたジュミンは無期限の謹慎処分となる。一方、ソヌとスユンはチャンギルが育った施設で情報収集をすることに。また、ソヌはウォンタクからGMLコリアが無水酢酸を密輸しているという情報を得るが…。

ソヌの携帯に血だらけのウォンタクの写真が送られてくる。ソヌはそれが黒蛇会の仕業だと分かると、ウォンタクを探しに黒蛇会と関わりがあるGMLコリアに忍び込む。しかし、ウォンタクを見つけるどころか、GMLコリアの社員に見つかってしまう。一方、ウォンタクは黒蛇会の隠れ家に拉致されていた。ウォンタクを見つけられず動揺するソヌにジョンリュルは捜査を続けるのかどうか決めるように促す。

ヒゴンと接触するため黒蛇会の隠れ家に単身乗り込んだジュミン。それを知ったジョンリュルはソヌを連れてその場所に急行する。ジョンリュルの車に乗って真夜中に出て行ったソヌを怪しんだスユンは、こっそり後をつけることにする。次の日、スユンはソヌにジョンリュルと何をしていたのか問い詰めるが、嘘をつくソヌに不信感を募らせる。そんなスユンは事実を確認するため黒蛇会の隠れ家に忍び込む。

隠れ家に忍び込むものの黒蛇会に捕まったスユンは、先に拉致されていたウォンタクと共に隙を見て逃げ出すが、途中で捕まってしまう…。そしてスユンはどこかに連れて行かれ、ウォンタクはドヨンの命令で始末されることに。それを知り絶望したソヌは、しばらく出勤もせずぼんやりと家で過ごす。そんな中、日本の海上保安庁からヒョンスンという男が新たな情報を持って海洋警察にやってくる。

何日も出勤しないソヌを戒めるジョンリュルに対し、命の尊さを知らない者と戦うには同じく汚い方法で応ずるべきだと言い、自分なりの方法でスユンを捜すと告げるソヌ。早速スユンを捜す手掛かりをつかむためドクスに会ったソヌだったが、そこでウンチョルがヒゴンと近い関係だと聞かされる。一方、ジュミンはついにヒゴンに会うことになるが二重スパイであることがばれ、撃たれてしまう。

ジュミンが意識を失う前に残した言葉と、耳の奥に入れておいた録音機の音声データを手掛かりにヒゴンを追うソヌとジョンリュル。ジョンリュルは「チェ・ヒゴン」という名前がポセイドンと同じく作戦名なのではないかと思い始める。2002年に亡くなったチェ・ヒゴンという名前の少年について調べていたソヌとスユンは、ヒゴンの後見人になっていた人物の住所を訪ねることにする。